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1、名称简介参考文献备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包AmiGO访问本体论和注释数据AnnotationSketch基因组注释绘图库，基因组特征可视化Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化ArrayExpress将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中ArrayExpressHTS用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程arrayMagic双色cDNA微阵列质控和预处理arrayQCplot用图形

2、分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件BALL生物化学算法库BALLView用于分子建模研究和教育的一个工具BamTools分析和管理BAM文件的一个C+应用程序接口和工具包Batch BlastExtractor批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序BayesPeak分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件BEST结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序BIGpre一个下一代测序数据质量评估程序包BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape

3、插件Bio+用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C+库BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言BioJavaJava语言编写的一个生物信息学开源框架biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连接Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具BioRuby适用于Ruby编程语言的生物信息学软件BioWarehouse一个生物信息学数据仓库整合工具包birgHPC为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版Biskitpython编写的一个结构生物信息学软件

4、平台（库）BisoGenet一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件BlastR非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索Bowtie比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序Bpipe一个运行和管理生物信息学流程的工具BRAT重亚硫酸盐处理的片段分析工具BRAT-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对Brian一个Python编写的脉冲神经网络模拟器BSMAP全基因组重亚硫酸盐测序比对程序BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写Caryoscope在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个开源Java应用程序CEAS顺式调控元件注释

6、阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件CisGenome一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统ClutrFree聚类树可视化与解释COBrA一个生物本体论编辑器Cobweb一个网络浏览和可视化Java小程序ComBat使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响coMOTIF一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架ContEst评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染ConscriptRasMol到PyMOL的脚本转换器CoXpress基因表达数据中的差异共表达分析（R包）Cytoscape ESP使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物

Web一个交互式基于网络的网络浏览器DAnTE一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具DBChIP用ChIP-seq检测转录因子的差异结合Dendroscope一个交互式大型系统发生树查看器DIME基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包DendroPy一个系统发生计算Python库DrugViz一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件dsrcFASTQ格式中DNA序列片段的压缩EagleView一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器EASE在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释

8、Easyfig基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形EMBOSS欧洲分子生物学序列分析开放软件套件EnzymeTracker一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统Eoulsan一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架ESBTL用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构Expander一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据分析的所有阶段ExpressionPlot一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架EZ-Viz用标签和按钮简化PyMOL中分子查看FIMO扫描一个给定motif的出现Flapjack图示的基因型可视化flowViz一个可视化

Processor一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本GeneNotes第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物信息的应用程序GeneTrack一个基因组数据处理和可视化框架GeneTUKit一个文档水平基因标准化软件GeneXplore

10、r微阵列数据的可视化和分析GenomeView使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据GenomeViz可视化微生物基因组Genomorama基因组可视化和分析GenoViewer一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具GenPlay一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式GEOquery基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁GIMP一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件GLITR基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq数据中提取转录因子靶点GO:TermFinder访问基因本体论信息并找到与

11、一列基因相关的显著富集的基因本体论术语GoBean一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序GOGrapher一个GO图形展示和分析Python库GOlorize一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件gputools使得能够在R中进行GPU计算的一个包graph2tab一个转换实验流程图为表格格式的程序库GReEn一个基因组重测序数据高效压缩工具GRiP一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具GSEA基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法HilbertVis用希尔伯特曲线来可视化基因组数据i-cite一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及

12、链接术语到相应的非文本数据IGB整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化Interpol一个蛋白质序列预处理R程序包interPopula一个访问HapMap计划数据集的Python APIIntervalStatsChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估IVEE用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感病毒的传播和重组事件J-Express使用Java来探索基因表达数据JalviewJava多重序列比对编辑器Java Treeview微阵列数据可视化，树状图查看JBrowse下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释jClust一个聚类和可视

PATHWAY的图形方法KEGGtranslator可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式KGML-EDKEGG通路图的动态浏览和编辑LeARN检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台limmaGUI一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面LogoBar带有空

Tool整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台MAnorm一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型MapView台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序）Mayday一个微阵列数据分析工作台medpie一个医学留言板帖子信息提取程序包MeQA一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程MethLAB一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包Methyl-Analyzer一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包Mfuzz一个微阵列数据软聚类软件包MicroRazerS小RNA片段

motif分析的多功能软件MOF微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别Mosaic获得有生物学意义的复杂网络MutationFinder一个从文本中提取点突变提及的高性能系统NGS QC Toolkit一个下一代测序数据质量控制工具包NGSView一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器NLProt从

16、论文中提取蛋白质名字和序列NMPP用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程NPS用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体NTAPNimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析OBO Explorer一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器OMERO灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理OMPC一个开源的MATLAB到Python编译器OpenStructure一个C+编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口Osprey一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台p3d用于结构生物信息学的Python模块PathBuilder注释和开发通路资源

17、的开源软件PathCase在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统PatMaN快速比对短序列到大型数据库上PaVESy生物通路编辑和可视化数据管理系统PDB Editor一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器PeakRanger一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器Phybase一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包PileLineGUI一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境PIQAIllumina G1基因组分析器数据质量评估流程PRIDEViewer一个可视化PRIDE XML文件的新的用户友好的界面Prob

18、Knot包含假结的RNA二级结构的快速预测PsychoPy一个Python编写的心理物理学软件PURE一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统Pybedtools一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库PYCHEM多变量分析Python包pymzML质谱数据高通量生物信息学Python模块pySolo一款完整的果蝇睡眠分析套件QuESTChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析R453Plus1Toolbox一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包RefPlus扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响RGG一个适用于R脚本的通用GUI框架rHVDM一

19、个预测转录因子活性和靶点的R包RightField将本体论注释嵌入到电子表格中Ringo一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包RINS高通量测序数据集中非人类序列的快速识别rMAT一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包RNA-SeQCRNA-seq质量控制和过程优化度量RNAmuteRNA二级结构突变分析工具RNAplex一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具Robin一个基于R的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序rpy2使用Python方便地调用Bioconductor处理注释数据，微阵列数据和下一代测序数据RseqFlowRNA-

20、Seq数据分析流程Ruffus一个轻量级的计算流程绘制Python库S-MART一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱SAMStat下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差SAMtools处理序列比对结果SAM格式的软件SBML2LaTeX将SBML文件转换为人类可读的报告segemehl重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对Sequence to Structure从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据Sfixem用Java进行图形化序列特征展示ShortRead一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包SICER一种识别来自组蛋白

21、修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法sigterms链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库Simrank快速且敏感的通用k-mer搜索工具SOAP短寡核苷酸比对程序SOAP2一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP改进版），更快，更少内存使用SOAP3超快的基于GPU的短片段并行比对工具SpotXplore在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索StampyIllumina测序片段的敏感且快速比对STE浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件STEM一个短时间序列基因表达数据分析工具STELLAR快速且准确的局部比对SVA序列变异分析器：注释和可视化测序

22、的人类基因组T-PIC基于形状的ChIP-Seq峰识别tacg一个适用于DNA的模式匹配软件Tabix从通用TAB分割的文件中快速检索序列特征Tablet下一代序列装配可视化工具TabSQL基于MySQL的应用工具，查看、过滤和查询多行数据文件，并连接到公共数据库TileQC基于tile的Solexa数据质控系统TileShuffle嵌合阵列数据中差异表达片段的检测TimeClust一个基因表达时间序列分析聚类工具TimeView高效比较和可视化来自微阵列实验的多个时间数据集（MATLAB)Tmod整合12种motif发现程序为一体的motif发现工具箱TreeViewJ一个查看和分析系统发生

UGENE一个协助分子生物学家管理、分析和可视化数据的统一生物信息学工具包uShuffle一个洗牌生物序列而保留k-let计数的有用工具VANTED一个在生物学网络背景中进行高级数据分析和可视化的系统VARNARNA二级结构的交互式绘制和编辑VennDiagram一个高度可定制的文氏图和欧拉图生成R包Velvet操作de Bruijn图进行从头短序列基因组装配VennMaster广义的文氏图，一种可视化复杂遗传集合关系的新方法ViTO蛋白质序列-结构比对精化工具WordCloud一个创建网络可视化语义概要的Cytoscape插件XYLab一个混合多元数据观察和解释的交互式绘图工具Zerg一个非常快速的BLAST解析器库ZFIQZFIQ（斑马鱼影像定量器）：一个斑马鱼生物学软件包ZOOM快速比对大量短片段到参考基因组