单向SDS-PAGE可以做MOLDI-maldi tof质谱谱吗

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-04-25 02:40 标签： mould和mold的区别
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请问各位蛋白质组学，质谱高手
1、我的双向电泳切胶，消化，做MALDI-TOF后并未鉴定到分值高的可信匹配结果。请问这种情况是不是可以说明我的蛋白有可能为未知蛋白。
2、如果我要将其当作未知蛋白做，是否可以采用某种质谱方法进行序列测定？Edman降解太贵，且我的样品来自双向电泳，不知是否可行。MS/MS是否可以做序列测定？这对于未知蛋白的鉴定是否可行？
清各位大侠不惜赐教！不胜感激~~~
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事实很困难,
原来我有过与你一样的想法,理论上可行,但操作起来还是很困难的.
串联质谱据说能起到一定的测序作用,但还是需要有数据库为基础.
氨基酸测序倒是可行一些,但面临的问题是蛋白质的量还是有一定需要的,二维转PVDF膜的量往往不足是个问题,如果可以保证这个蛋白量足,则可以测出N端十来个氨基酸,C端测序则更困难些,据说也可以测到五到十个.
如果都测出来的,就可以设计出引物(摆动碱基简并)去进行蛋白质基因扩增,从而得到蛋白质序列.
以上也是听说来的流程,水平有限,期待高手出山......
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你可以进行串联质谱的鉴定，但是你要确定你的材料是已经测序完成的，另外，质谱是可以做从头测序的，但是也不是很好作，对于你这样的情况作质谱的遇到的是太多了。
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第一个问题不知道，第二个问题已经有了新的解决方法。
PNAS今年四月UCSD的一篇文章提出了基于spectral network的de novo测序方法，完全不依赖于任何现有的数据库。随后Nature Methods发表了对作者的专访，号称蛋白质的鸟枪测序时代即将开始~~~~~~~
Paper Title: Protein identification by spectral networks analysis
作者Pevzner是MS数据分析领域的大牛~~~~~~
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Try to search against genomic database. EST database or DNA sequence translated in all six frame.
Genome Biol 7,R35 (2006) online
Genome Res. 17, 231-239 (2007)
Mol. Syst.Biol 3, 103 (2007)
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第一个问题：需要看你的谱图质量。如果谱图质量很好，信噪比高，而你的物种的序列数据库又不全，则很可能是所谓的新蛋白。但是对于象模式生物这种全序列已有的物种，更大的可能是蛋白修饰造成的检索不到。
第二个问题：
理论上完全可行。但是必需你的量够多。一般考染中等浓淡以上的蛋白点几乎都可以得到很好的串级图，从而进行de novo。
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1.看质铺峰,是否非常好,如是又鉴定不出来有可能新蛋白(一般比较罕见)
2.最有可能的话就是蛋白点的杂峰污染,MALDI虽然对一些盐离子等有很高的耐受性,但也有个度,我常规的MALDI鉴定蛋白也经常受盐离子的影响.对策:脱盐处理或者用新的质谱方法来鉴定蛋白(富集目的肽段)
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我的maldi-tof－ms的结果如下，请帮我分析一下是否可以以同样的样品去做TOf-TOf生物研发服务 >>
我公司蛋白质组学实验平台，目前拥有国际先进的蛋白质分离、鉴定系统，配以MALDI-TOF-TOF（质谱）和BioCAD 700E Workstation For Perfusion Chromatography等大型设备以及计算机检索系统，形成了高通量、高灵敏度、高分辨率和规模化的蛋白质组学研究技术平台。本平台现可承接全套及单项的蛋白质组学技术服务, 同时平台也开展规模化、高通量的蛋白质组学委托科研服务和大型设备对外开放服务。技术服务项目包括样本制备、蛋白质分离纯化、双向电泳、图像分析、胶内酶切、MOLDI-TOF-TOF质谱分析等，可以快速而有效地对客户提供的蛋白样品进行制备、分离、纯化、处理、数据分析和鉴定，提出最终的服务报告。
（工作日）
蛋白质制备及分离
客户提供血液、动、植物组织或细菌
蛋白质纯化
对客户提供样品进行纯化、浓缩
将高分子溶液中的低分子量盐分杂质去除
分子量测定
（客户告知表观分子量范围）
分子量小于10000Da
分子量大于10000Da
分子量大于30000Da
聚合物且为混合物
按照分子大小分离
等电聚焦电泳和 SDS-PAGE的组合
如目标蛋白为低丰度蛋白，建议采用银染
通常情况下，下一步如进行质谱检测，应采用考马斯亮蓝染色
肽段的分子量
肽段的氨基酸序列
MALDI-TOF-TOF
（质谱，ABI 4700蛋白质组分析仪）&&&&&&毛细管电泳仪
我公司还提供以下服务：
电话：022-
天津生物芯片技术有限责任公司（天津市功能基因组与生物芯片研究中心）成立于2003年9月，由天津中新药业集团股份有限公司，南开大学，天津市创业投资有限公司，天津经济技术开发区国有资产经营公司共同出资组建，主要从事基因检测芯片的研发、基因组学和功能基因组学研究，是国家863专项资助的五个生物芯片研发基地之一，并且是唯一致力于病原微生物检测生物芯片的基地。公司坐落于天津经济技术开发区，总建筑面积4800平方米。
天津生物芯片技术有限责任公司致力于完成重要致病菌检测生物芯片的研发并形成产品，确立公司在国际微生物检测芯片研发领域的优势地位，建成综合、跨学科、开放、市场化的现代生物科技研发基地和较有规模的企业。
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公司拥有一支以长江学者、南开大学特聘教授王磊博士为带头人的、高水平的研发梯队，现有研发人员90余人，科研人员中具有博士以上学历的20人，各学科学术带头人均具有海外学习和工作背景。至今已获得了包括中国科技部的&863项目&在内的多项科研基金数千万人民币,在Journal of Bacteriology和 Journal of Clinical Microbiology,Journal of Microbiological Methods,Gene等国际权威期刊上发表19篇文章。
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在天津经济开发区的大力扶持下，公司已发展成一个初具规模的企业，总建筑面积约为4,800平方米，其中包括3，800平方米的先进实验基地。公司拥有基因组学、蛋白质组学、DNA/蛋白质及生物芯片等领域的先进仪器，并建立了以下的科研实验部门：生物芯片实验室、基因组学实验室、蛋白质组实验学和抗体实验室；生物信息平台；生物安全三级实验室和GMP生产车间。
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