求助各位大神，生物信息学中怎么判断氨基酸一段氨基酸序列有没有AMP结合功能，看文献也说不清楚，拜托

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2020-03-23 04:36 标签： 判断氨基酸

GO是Gene ontology的缩写GO数据库分别从功能、參与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述，即对基因产物进行简单注释通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。GO 分析会对每个有差异基因存在的GO 返回一个p-value小的p 值表示差异基因在该GO 中出现了富集。 GO 分析对实验结果有提示的作用通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。

Pathway指代谢通路对差异基因进行pathway分析，可以了解实验条件下显著改变的代谢通路在机制研究中显得尤为重要。Pathway 分析会对每个有差异基因存茬的pathway 返回一个p-value小的p 值表示差异基因在该pathway 中出现了富集。pathway 分析的结果更显得间接这是因为pathway 是蛋白质之间的相互作用，pathway 的变化可以由参与這条pathway 途径的蛋白的表达量或者蛋白的活性改变而引起

功能富集分析: 功能富集需要有一个参考数据集，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term该功能或者定位有可能与研究的目前有关。

所以DAVID是一个基因功能富集分析的网站更准确些

Q2 选择你感兴趣的结果勾选，也就是富集的角度你目的是观察基因的哪些功能，系统也会默认给你选择一些比较经典的通路建议考虑自己的实际进行选择，能够得到更丰富和有意义的结果

Q3 三个页面是DAVID的分析内容，

Functional classification 是基于基因共同的注释信息将功能相关的基因聚在一起作为一个单元，然后再生物网络里汾析这些单元还会有相应评分，比重代表其重要程度；Functional annotation clustering  基于注释共同出现的程度聚类的对被注释上的不同功能的term聚类并评分，可以找箌聚类中重要的term,并且还能通过里面的热图去评估各个term之间的相关性；Annotation table,是每个基因在你之前勾选的数据库里的注释情况是一个比较详细表格，网站是根据这些注释进行聚类的

以上是我之前了解的和我自己总结的一些知识，希望能对你有帮助

附上我学习时做过的PPT一个，仅供参考



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