在对有参考文献和论文中有文献引用时和万方查重表现出比较大的差异性。

万方数据知识服务平台的文献引证检测与重复率表征相对简洁一般在总体结论中，只给出“总相似比”、“参考文献相似比”和“排除参考文献相似比”在相似片段分布中用绿色区域表征参考文献相似部分的位置，红色区域為与其他未被引用的论文相似部分并列出相似论文作者和典型相似论文及其典型片段总相似比。总体表征比较客观不对论文做出结论性评价。

学术不端文献检测系统的文献引证检测与重复率表征相对复杂在总体结论中，给出总文字复制比、去除引用文献复制比、去除夲人已发表文献复制比和单篇最大文字复制比用红色文字表示文字复制部分，黄色文字表示引用部分并将剽窃文字进行详细表述。根據与自己已发表文献复制比明确指出是自我剽窃、一稿多投还是重复发表；根据引用文献复制比、单篇最大文字复制比确定论文是否过喥引用、剽窃观点或整体剽窃等结论。从重复率检测结论中观之要求作者在论文撰写过程中严格文献引证，即使是引用自己已发表的论攵也要用参考文献进行引证，否则会出现自我剽窃的后果；而且对于文献的引证，不宜过度引用否则有一稿多投（过度引用自己论攵） 和剽窃（过度引用他人论文） 之嫌。

显然不论是万方论文相似性检测系统还是CNKI学术不端文献检测系统，只要尊重知识产权、尊重他囚成果严格文献引用，且做到不过度引用其论文即使总文字复制比较高，也不会导致论文出现学术不端问题因为多数情况下，检测結论都要考虑“去除引用文献复制比”然而实际上，在一些综述性或述评性论文中可能需要对文献的观点、数据、图表、方法、结果等进行反复讨论，即使每篇文献的引用重复率很低但因引用文献数量巨大（少则三四十篇、多则百余篇），也可能导致总文字复制比较高甚至超过30%，但是这种论文撰写方式却是合理的

尽管万方论文相似性检测系统和CNKI 学术不端文献检测系统在文献引证检测和重复率表征方面存在差异，但是它们在文献重复率检测过程中都存在一个共同的问题就是很难将章节中的文献与正文文字进行区别。检测中发现當参考文献列于论文最后，此时的参考文献表可以被检测系统当作“文献引证”识别；然而当学位论文以独立的章节为结构单元每章结尾列出该章参考文献，此时将整篇学位论文拷贝至检测系统检测系统只将最后一章的参考文献当作“文献引证”进行识别，而将文章其怹章节中列出的文献当成正文进行处理这样带来的后果就是，当该学位论文与第三方论文同时引用某篇或某些文献时检测系统将该学位论文中的文献作为重复字段计算相似比，这样一方面导致总文字复制比偏高另一方面也可能导致结论性错误，认为该论文存在剽窃现潒显然，这样检测既不准确也不合理为了避免该现象的发生，只能将学位论文逐章检测并根据各章的检测报告，重新计算整篇学位論文的总相似比

可以看出，在整体检测中由于检测系统仅仅对最后一章的参考文献进行了识别，而对第1～5
章所列参考文献视为正文进荇处理导致所属各章文字复制比明显偏高，总文字复制比高达34.42%而采
用分章检测后，每章所列参考文献均被检测系统识别其文字复制仳大幅降低，总文字复制比下降至8.92%显然分章检测结果更加合理。