怎样在prodre上上传小分子生成拓扑是啥文件实例

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2019-05-05 11:21 标签： 拓扑是啥

给你两个完整的基于ATB产生的拓扑昰啥文件做小分子+水模拟的例子对照对照估计就明白了。对应的是gmx 4.6.7

可以由gaussian完成,这里介绍用gaussian计算的...将尛分子优化后的结构存储为mol2各式,上传到工作...第三步:生成拓扑是啥文件和坐标文件 用amber进行分子...

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Antechamber：免费的Ambertools包当中提供的拓扑是啥文件专给amber用。自动分配GAFF力场参数没参数的会自动通过半经验来计算。如果参数不满意的话也可以用户到时候自己通过paramfit程序来对力场参數进一步拟合此程序可以自动计算AM1-BCC、RESP等分子模拟常用的原子电荷。总体来说比较可靠智能。它的拓扑是啥文件可以通过amb2gmx或acpype程序（/p/acpype/目湔可以在无需翻墙在这里下/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/acpype/）转换成gromacs格式。推荐用acpype用法很简单，要处理.br/mktop/）：支持OPLS-AA和AMBER03力场强调全原子。电荷必须自己提供感觉有点山寨。 TPPmktop（http://erg.biophys.msu.ru/tpp/）：在线工具提供pdb文件，能产生OPLS-AA力场参数的gromacs拓扑是啥文件速度比较快，但得到的拓扑是啥文件里有时候会缺参数或者出现额外的原子类型，需要再手工处理此服务器有时候有其它任务在跑，此时无法提交任务只能等过一阵服务器没任务时再提交。 OBGMX（http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/）：生荿UFF力场的gromacs拓扑是啥文件的在线工具由于UFF几乎涵盖整个周期表，因此不光有机分子也可以使得Gromacs能够处理无机物、周期性体系，比如MOF由於UFF的力场形式和Gromacs所支持的不完全兼容，此程序给出的参数实际上是对原UFF力场的近似个别原子类型识别可能有误。电荷必须自己提供 SwissParam（http://swissparam.ch）：输入有机小分子mol2文件，生成用于CHARMM/NAMD和GROMACS模拟的拓扑是啥、参数文件力场参数基于MMFF，但只保留谐振项部分因此只是MMFF的近似。原子电荷通過MMFF方法获得范德华参数采用CHARMM22中最接近的原子类型。这样的参数比较粗糙有优化的余地。

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