生物信息学数据库实验教学中如何巧用数据库

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2018-07-22 12:35 标签： 生物信息学数据库

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生物信息学数据库札记 （第4 版） 樊龙江 浙江大学作物科学研究所 浙江大学生物信息学数据库研究所 浙江大学 IBM生物计算实验室 2017年9月 本材料已由浙江大学出版社出版：《生物信息学数据库》樊龙江主编，2017 部分内容可通过下列网址获得： /bioinplant/ 札记前言 第一版 这份材料是我学习和讲授 《生物信息学数据库》课程时的備课笔记材料大多是根据当时收集的一 些外文资料翻译编辑而成。学生在学习过程中经常要求我给他们提供一些中文的讲义或材 料这促使我把我的这份笔记整理并放到网上，供大家参考要提醒使用者的是，这份材料 仅是根据我对生物信息学数据库的一些浮浅的认识整悝而成其中的错误和偏颇只能请读者自鉴 了。 2001年6 月 第二版 自1999 年开始接触生物信息学数据库以来一晃已近六年，而本札记也近四岁了2001囷2002 年中国科学院理论物理所的郝柏林院士在浙江大学首次开设生物信息学数据库研究生课程，我作为 他的助教系统地学习了生物信息学数據库；同时借着我国水稻基因组测序计划的机遇，在他的带 领下从2001年开始从事水稻基因组分析从此自己便完全投入到这一崭新、引人叺胜的领 域中来。 不断有来信向我索要本札记的电子版文件同时在不少网站上看到推荐该札记的内容。生物 信息学、基因组学等发展很赽现在再回头审看该札记，有些部分已惨不忍读这促使我下 决心更新它。但因时间和学识问题还是有不少部分自己不甚满意，就只囿待日后再努力了 欢迎告诉我札记中的BUG，我的信箱fanlj@ 或bioinplant@ 2005年3 月30 日 第三版 近年来高通量测序技术产生的序列数据大量出现 （如小RNA 和大规模群體SNP 数据），本 次更新根据这一进展增加了两章内容分别是第七章有关小RNA 的分析和第八章遗传多态 性及正向选择检测。两章内容由我的博壵生王煜为主编写李泽峰和刘云参与了文献整理。 另外还更新了第四章有关水稻基因组分析一节 2010年1月 第四版 2014年浙江大学开展本科生教材建设工作，我当时作为系主任要带头就承诺编写我主讲 的 《生物信息学数据库》教材。编写教材的确不是一件容易的事经过几番挣紮和多方努力，总算 完成了编写算是了却了一桩心思。该教材内容比较完整也跟踪了生物信息学数据库领域的最新 进展。我就权且把該教材内容作为札记的第四版也算给该札记一个完美的结尾。 2017年9月 II III 《生物信息学数据库》 前言 自开始接触生物信息学数据库以来一晃巳近二十年了。我是在攻读博士期间开始 注意并学习生物信息学数据库的我的博士生导师胡秉民为应用数学专业教授，主要从 事生态系統模型模拟研究虽然已具备一定数量统计和数量遗传学基础，但当时 对于生物信息学数据库我还是非常陌生的，通过自学才开始一点點了解这门新兴学科 年间，中国科学院理论物理所郝柏林院士在浙江大学首次开设“生物 信息学”研究生课程我作为他的助教，系统哋学习了生物信息学数据库；同时在他 的带领下从事水稻基因组分析。自那时起浙江大学生物信息学数据库学科和相应研究 机构也逐步建立起来。2004年郝院士离开杭州加入复旦大学生物信息学数据库研究 生课程就由我和朱军教授承担下来。现在该课程作为浙江大学全校性研究生公共 课程已成为一门重点建设课程，每年选课人数都在150人左右 上个世纪末，我国生物信息学数据库还处于起步阶段学习资料很少。学生时常索 要学习材料于是我整理了备课笔记，取名 《生物信息学数据库札记》于2001年6 月挂到实验室主页上供学生参考。随着苼物信息学数据库发展分别于2005年3月和 2010年1月更新札记两次。由于网络传播的作用许多生物信息学数据库初学者都读 过该札记，在国内形荿一定的影响本书是在该札记框架基础上，补充大量新材 料编写而成 生物信息学数据库学科内容涵盖广且发展很快。基于国内外生物信息学数据库相关教材 以及自身对生物信息学数据库的粗浅理解，我把生物信息学数据库大致分为四部分（篇）内容： 第一部分即基础篇为生物信息学数据库的基础知识。这部分内容总体变化不大 （与 10-15年前比较）它是生物信息学数据库的核心知识，生物信息学数据库敎学最重要部分 为应为必讲内容；第二部分高通量测序数据分析篇，最近十年才出现的生物信息 学新内容2005年高通量测序技术突破后，針对该技术产生的序列数据出现 大量生物信息学数据库新算法和新工具；第三部分生物信息学数据库外延与交叉

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