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【停止更新】GaussianFAQ实践版（V27.01）【我将在近期对这个帖子进行大修】
GaussianFAQ（不断更新中）
新问题可以到跟帖
GaussianFAQ改进历程
V 0.01 GaussianFAQ(Beta版)诞生
V 1.00 为这个FAQ增加了插图11张，GaussianFAQ第一版正式发布
V 1.10 修改了第一章第四节的回答
V 2.10 修改了第一章第三节的回答
V 3.00 增加了第二章第十、十一节两个问题及其答案
V 4.00 更换了第一章第一节这个问题的答案
V 4.10 修改了第二章第九节的回答
V 5.00 增加了第二章第十二节这个问题及其答案
V 6.00 增加了第一章第五节这个问题及其答案
V 6.01 改了几个错别字
V 6.02 又改了几个错别字
V 7.00 增加第一章第六节这个问题及其答案
V 8.00 增加第一章第七节这个问题及其答案
V 9.00 增加第二章第十三节这个问题及其答案
V 9.10 修改第一章第四节的答案
V10.00 增加了第二章第十四、十五节两个问题及其答案
V11.00 增加了第四章第六节这个问题及其答案
V12.00 增加了第四章第七节这个问题及其答案
V13.00 增加了第四章第八节这个问题及其答案
V13.10 修改第一章第二节的答案
V13.20 修改第一章第四节的答案
V14.00 增加了第一章第八节这个问题及其答案
V14.10 修改了第四章第三节的答案
V14.20 修改了第一章第四节的答案
V14.21 修改了第一章第四节的答案中的一个bug
V15.00 增加了第四章第九节这个问题及其答案
V15.01 将原第一章第七节调整为第二章第十六节
V16.00 更换了第二章第七节的答案
V17.00 增加了第二章第十七节这个问题及其答案
V18.00 更换了第一章第五节的答案
V18.10 修改了第二章第九节的答案
V19.00 增加了第二章第十八节这个问题及其答案
V19.10 修改了第二章第十七节的答案
V20.00 增加了第二章第十九节这个问题及答案
V21.00 增加了第二章第二十节这个问题及答案
V21.01 修改了第四章第九节的一个bug
V21.10 修改了第四章第九节的答案
V22.00 增加了第四章第十节这个问题及答案
V23.00 增加了第二章第二十一节这个问题及答案
V24.00 增加了第二章第二十二节这个问题及答案
V25.00 增加了了目录
V26.00 增加了第三章第五节这个问题及答案
V26.10 修改了第四章第九节的答案
V26.11 略微修改了第四章第九节的答案
V26.12 略微修改了第一章第四节的答案
V27.00 增加了第二章第二十三节这个问题及答案
V27.01 略微修改了第二章第二十三节的答案
请大家继续提意见
版本号升级说明：
GaussianFAQ的版本号采用x.xx的方式
彻底更换某个问题的答案，或者增加新问题及其解答，大版本号加1
修改对某个问题的回答，小版本号加1
改点儿bug，小小版本号加1
该帖子主要讨论Gaussian操作问题。一些比较简单的理论，大家也可以问。但是比较正规的理论FAQ，还请移步到
第一章：Gaussian初识：
版本一：高斯是不是免费的啊？
版本二：高斯哪里能下载啊？
版本三：高斯卖多少钱？
版本四：听说使用高斯涉及到版权问题，能不能具体说说呢？
我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？
和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？
难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？
后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？
后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……
Gaussian如何在Linux下安装？
Gaussian如何实现批处理？
怎么安装Linux？
第二章：Gaussian使用：
版本一：高斯能不能做XXXXXXX方面的计算啊？
版本二：高斯的主要功能是什么？
请问2070是什么错误啊？
后续问题：什么是log/out文件的错误提示啊，在哪儿看啊？
scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？
Gaussian并行效率如何？
什么是自旋多重度？怎么设置？
后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？
什么是基组啊？什么是混合基组啊？怎么个写法啊？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。什么是你们所谓的Gauss基函啊？基组大小你们又是怎么知道的呢？
后续问题：请问6-311++g(3d2f,2pd)中各项的含义是什么啊？
怎么选择泛函，怎么选择基组？
NBO是什么？怎么用啊？
消除虚频的方法和经验？
L9999错误是什么？如何解决？
L502错误是什么？如何解决？
这简直是初学者遇到的最频繁的两种错误了
writwa错误是什么？如何解决？
优化震荡怎么解决？
chk文件转化成fchk文件时默认内存不足，或者从fchk文件生成cube文件时默认内存不足，怎么办？
溶剂化计算时如果溶剂不是高斯默认的话怎么处理？
对一个有很高对称性的分子，计算中出现"Inaccurate quadrature in CalDSu."错误应该怎么处理？
什么是BSSE校正？为什么要做BSSE校正？怎么做BSSE校正？
一些特殊的DFT在Gaussian03中如何输入？
我们在用gauss寻找过渡态之前应该准备什么？
为什么使用QST3的时候必须优化反应物和产物？
什么是极化连续介质模型（PCM）？
物化中学过反应的ΔG大于40千焦的话就认为不反应。但有时候可以发生的反应，过渡态的能量和反应物的能量算出来会差几十千卡（>40kj/mol），请问应该怎么理解？
什么是电子密度？什么是电子密度差？它们的物理含义是什么？如何得到？
各种方法的红外校正因子分别是多少？
第三章：GaussView使用：
用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？
想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
GaussView怎么打不开输出文件？
后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？
原子可以改变编号吗？怎么改？
Gaussview能画离子吗？怎么画？
第四章：其它问题
要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？
后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？
刚刚接触量化，大侠能不能给点学习建议？
后续问题：我数学没学好，怎么办？
一看见量化书里那些公式就头大，没兴趣学下去了。我该怎么办？
后续问题：我以前是做实验的，理论化学的东西太难了，没信心了，帮帮我吧
后续问题：我不想学理论，我只想学学软件操作，行吗？
高斯说明书实在看不下去，我可怎么办呢？
高斯自带的例子我不会运行，运行完了也看不懂，导师和师兄师姐讨论的问题，完全听不懂，这咋办？
怎么问问题，才会得到高人的回答
如何获得高斯中没有的基组？
为什么要啃高斯说明书？
理论化学和计算物理应该投什么杂志？
关于发文章的等级问题
高斯交流qq群
（过渡金属的理论计算QQ群）
（过渡金属的理论计算QQ群，高级群）
（这个群据说只加西北区域的）
　　注：谨以以下文字送给所有认为自己是菜鸟的朋友们。如果你想让自己懂点什么，请耐心看完全文，这些文字至少要花你一刻钟的时间去阅读和体会。如果你没有一刻钟的连续时间，还是不要看了吧。
　　我是一个高斯交流群的群主，同时也是N个高斯交流群的管理员。干的久了，就会有一些感慨——各位扪心自问，你算是合格的菜鸟吗？
　　虽然从技术角度上讲其实很空洞，但我敢说，从思想上讲，是很值得学习的。发这个帖子的原因，是因为看到很多群友已经越来越“懂得学习”了，他们会大声呼喊“我的gjf为什么不能运行？”，他们会高声喊道“2070是什么错误？”，(日补充一句话：如果再次见到有人问“2070是什么错误？”，直接T出群，杀无赦！)然后过几分钟还问“我的问题怎么没人回答啊”……这些事情让人很难受，这些事很悲哀。
　　这里把以前发现的两种“经典”的例子让大家看看：
　　1，“请问谁能提供Gaussian03的下载网址？”
　　你太懒了！要知道没有人会记得某个软件的下载网址，在遇到你的帖子时给你回复。在别人心目中，你是个连搜索引擎都懒的使用的人，完全只会依靠别人给你服务。你抱着一种“我是菜鸟我怕谁，我想问谁就问谁”的心理。你能说别人不愿意帮助你吗？不能，是你无药可救。也许你懂的很少，但你能找到可学习的东西，你能找到学习的地方。因为搜索引擎提供的功能是强大的。
　　2，“[求助]如何计算NBO？一步一步讲，我很菜的。”
　　首先你的态度就有问题，一点也不积极主动。自己不善于动脑筋。如果你从没用过 NBO，那么我告诉你，写输入文件---打开Gaussian03---计算NBO---分析输出文件。可你要“一步一步讲”，试问，难道还要别人告诉你如何打开GV画分子，如何敲入NBO的各个选项，甚至如何双击鼠标吗？你缺乏的是一种善于思考的精神，你不自信，你懒，你的头脑很僵硬。
　　针对以上两种人，我想说的是，你们所面临的问题不是如何成为一名高手，而是如何先成为一名菜鸟。
　　不知道大家有没有发现，群里各种技术层次的用户都有，越来越多的“菜鸟”都来凑热闹了。对那些一点技术基础都没有，但态度端正的用户，我们很乐意帮助你们，我们会用自己的努力让你的问题得到解决，但我们不会直接给你个答案（以前是，但以后不会了），你需要的是掌握这一类问题的解决方法，并从解决一个实际问题中领悟一些以前不知道的东西。我们会尽力让你们找到一条适合自己的路，一种适合自己的学习方法。你们有机会成为菜鸟，并在成长中学到更多东西。
　　首先要学习的就是一本高斯入门书。我发现了，很多人连高斯入门书都没看过就要用高斯计算自己的体系。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。其实，如果你的英文还行（过了6级的人肯定没问题），那就看看高斯公司自己出版的高斯教材《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》，也是为那些完全没有一点高斯基础的人准备的。
　　此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基础都没有的人准备的。当然，你很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有中译本。其实，如果你的英语已经过了6级，直接看英文版，问题也不是太大（这时，你遇到的主要问题是专业术语问题而已，查查就懂了）
　　量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。
　　高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——试想，谁又能比高斯软件开发公司更了解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。
　　以上所有的资料都能免费下载，只要你有谷歌！而对于那些连搜索引擎都懒的用的人，很可惜，你们连成为菜鸟的机会都没有。技术是要不断向上发展的，高斯交流群不是养老院，那些不求上进不思进取的人只会拖后腿，技术会放弃你们。
　　上了这么长时间的小木虫，混了这么长时间的高斯，你知道什么叫“菜鸟”吗？什么样的人是菜鸟？问过自己这个问题吗？
　　要有点基础的技术根基。当你连什么叫“P21/c”什么是“NtrExtl”都不知道的时候，没有人可以帮你解决一个需要通过对称性、硬盘控制或内存定义来解决的问题，因为，就算别人回答了你的问题，你能看懂吗？所以说，那些最基本的东西你是没有资格来问别人的，你只有自学。从那里学？从书上学。书从哪儿来？从搜索引擎来。连搜索引擎都懒得用的人，没资格当菜鸟。
　　要有端正的学习态度。你不懂一个问题很正常，但你必须先问问自己是否努力去寻找答案了。那些高手的知识从那里来的？别人给灌进去的吗？一味只想依靠别人的人，没资格当菜鸟。
　　其实，菜鸟就是那些懂得如何学习，善于总结，技术在不断成长的初学者。
　　你不懂一个问题没关系，怕的是你连去学习这个问题的脑筋都不想动，这样的话你就没救了。请记住，任何人都有权力对那些无聊的/无用的/无知的问题说不！
　　群主,管理员都很辛苦，也是有自己的事要干的，群员们没有义务来必须回答你的问题！！QQ群是一个交流的平台，不是一个旧货市场。
　　在这里，我想告诉大家，任何时候，当你打算让别人帮助你时，先问自己两个问题：
　　1、70%的答案都可以从高斯说明书里寻找到，我找了吗？
　　2、在高斯说明书里没找到，我去搜索引擎找了吗？听说那里可以找到90%的答案。
　　如果你真的已经按照自己的思考结果去做了而没有找到答案，再考虑寻求帮助。现在假设你自己努力了，而实在没有找到答案，那么提问前，
　　再问自己两个问题：
　　1、我有那些问题需要帮助？
　　2、我把这些问题描述清楚，并给出足够判断原因的信息了吗？
　　在提问时，你要注意什么？要注意的很多：
　　[1]不要出现错别字。
　　[2]使用合理的标点符号。
　　[3]合理的组织自己的语言。不要每写一句话就发送一句话，这样很凌乱。
　　[4]预先向可能回答你的问题、看了你的问题，以及考虑你问题的人道谢。
　　[5]问题解决后给出补充说明，并在可能的情况下对其总结。
　　[6]给出详细的信息（输入文件、错误信息、操作系统、症状、前兆、已经进行过的补救措施……）
　　有人说我的这些文字可能会让一些朋友愤愤不平，我当然知道，但无所谓。如果你是我说的那几种人，我照样看不起你，你连当菜鸟的资格都不够，一辈子生活在量化科研界的最低层。但是我不能随便就骂你们，我所能做的，只是不理你，最多把你T出群，让这个世界清静一些而已。
　　如果你已经仔细的看完了上面的文字，请给自己一点时间好好思考一下，我现在的水平是什么样的，我是一个合格的菜鸟吗，我有资格当菜鸟吗？
在我发了这个帖子之后，有位虫友给出了不同看法。原文如下：
　　其实这有一个时间的问题。
　　如果有一位好的老师，你的问题非常菜的话，他可以在几分钟之内帮你解决掉，但是如果等你慢慢找资料，再慢慢读和试，也许几天就过去了，哪一个效率更高呢？&&
我觉得这是许多虫友和群友的认识误区，因此我给出的回信如下：
　　我个人认为你这样说是不对的，直接问别人，做的确实快，但是这样学不到东西
　　这里面其实有一个学习态度的问题。我在QQ群做群主/管理员的时候，有人问一个非常无知的问题（例如，他说自己的opt错误）我可以在3秒之内将gdiis或者qc或者calcfc等等各种适当的选项加到他的#号命令行中去。然后他很高兴的把我给他的新命令行敲进去，运行，opt正常结束，皆大欢喜！但是他什么都没学到。这根本不是这位朋友在做课题，实际上是我在做他的课题，至于我为什么加上gdiis，他还是不懂。人都有惰性，我发现如果我这样直接告诉他，很多人就根本不思考了。（这是我领着师弟师妹入门Gaussian的时候发现的一个严重问题。刚刚发现这个问题的时候，我极其惊讶！）这样，他们就一辈子生活在量化科研界的最底层。如果我做了这位朋友所说的那种“几分钟内就替你解决了问题的好老师”，我不知道这样做算不算“不负责任的老师/师兄/群主/管理员/斑竹”。至少，当初我的小导师/师兄教我高斯入门的时候，就根本不告诉我具体操作，而是遇到问题给我资料和指点，让我自己好好啃书。于是，我个人感觉到：每遇到一个问题，我都有一次成长。
　　反过来，我如果告诉这位“opt错误”的朋友，让他去《高斯说明书》好好读一下关于opt关键字和scf关键字的解释，尤其是gdiis\calcfc\calcall\qc\xqc……等这些参数的解释，再假设说他听了我的话，花半天时间认真读了这些解释，他的收获比我直接替他写一个#号命令行要多得多——至少我是这么认为的。
　　自己不动脑筋，完全依赖别人，这种人根本不是做科研的料。也许在初期，这种“只问操作不问原理，只背命令行不深究为什么这样写命令，把自己当成命令执行机”的人，学的貌似快一些，但是，比起那种兢兢业业啃《高斯说明书》的人来，只要一年，他们就不在一个档次了！
　　现在我也想与这位提出不同意见的虫友商榷一下：现在看了我的回信，您还觉得“几分钟内就把问题解决”这种方法很好吗？到底是“啃书”效率高，还是“直接告诉他命令行怎么写”效率高呢？
　　我自己懂得也很少，我的知识欠缺也很严重，而且做课题越多，发现自己不懂得东西也越多。我也会时常向导师、小导师、虫友们和群友们求助。但是我个人的习惯是这样的：“请你不要仅仅告诉我应该怎么做这个具体问题。我想知道，如果我要弄懂这个问题，我应该看高斯说明书中那一部分内容？”如果高斯说明书中的解释我没看懂，我会诚信请教“我发现我的知识储备，在某某方面有欠缺，请您向我推荐一本书或者一些文献，我要弄懂这个问题，谢谢您。”
　　我是个很笨的人。我不太会走捷径。我们这种笨人，只有这种笨办法。那些聪明人的捷径，我们走不了，也不想走。提出异议的这位朋友是专业研究化工的，而我是专业研究量子化学的。也许是我们的立场不同，导致了看法不同。化工是工科，讲求实效，注重问题的解决，实用味道很浓。而量子化学是理科中的理科，是基础学科中的基础学科，所以科研味道很浓。位置不同则立场不同，屁股决定脑袋.
　　从咱们量化版的实习版主到正式版主，到版务版主，随后又到了主管区长，期间经过了大半年的时间。这么长时间里，我发现一个很有趣的现象：初学者往往喜欢问“哪本书比较好”。这个问题怎么说呢？这有点像一个刚学打篮球的人问“王治郅和科比谁比较厉害”。当然科比更厉害。但如果你是想学打篮球，这两个人都非常非常有资格教你——关键不是在于你选哪个老师，而是在于你自己用多少功夫去学。
　　以前我推荐徐老的《量子化学基本原理和从头计算法》和科顿老先生的《群论在化学中的应用》，但是我现在觉得，你尽量还是听你的导师、任课老师、师兄师姐的推荐。实不相瞒，我的研究生阶段的群论入门“教材”是山东大学步宇翔教授自己做的ppt讲义而已，我的研究生阶段的量子化学入门教材则是山东大学冯大诚老先生写的一个内部讲义，薄薄的百来页而已。再往前推，我的本科阶段读的《物质结构》这门课是我们山东大学的自编教材。（有的学校管这门课叫做《结构化学》，其实是同一门课）这本自编教材的质量是怎样的呢？不怕你们笑话，这是一本用了十年时间才销出去一千多册的超级滞销书。
　　很多人把C语言玩熟练之后，回头痛骂谭浩强老先生。我觉着这是不对的。当年，在我们对编程彻底一窍不通的时候，是谭先生的文字带领我们第一次认识了常量和变量，第一次认识了输入输出语句。可否还记得在我们编了第一个C程序，那一句“Hello World”跃上屏幕时候的新奇和兴奋？
　　有人曾经跟我说，量化入门不如使用福井谦一先生的《图解量子化学》。用徐老的书入门，未必是一件好事。本版专家顾问snoopyzhao先生说：“徐老的书很经典，但是如果用它入门，十个人中有九个要对量化失去兴趣”我觉得是有道理的。
　　不过，就算其他所有的书都可以替换，唯独高斯说明书是无法替换的。郭勇先生的《高斯指南》、吴国是教授的《G98入门》，还有高斯公司的《Exploring》都可以互相替换。但是唯独高斯说明书根本无法被替代。这是我发现的唯一一本无法被替代的书
附：导师是什么？
导师是提供科研经费和实验室的人，是提供课题大体方向的人。具体高斯如何使用，那绝不是导师的职责，那是研究生自己应该主动学习，根本不应该等着别人教的。有些虫友对导师不满的理由有很多，其中一条比较常见的理由是：“导师在XX方面还不如我呢”。可是，如果导师在该方面超越了你，导师还需要你做什么？你研究的既然是这一方面，那么在这一方面，你比导师优秀，那不是应该的吗？全面超越导师，这个不好办，毕竟许多导师有多年的经验，知识范围很广泛，但是单项超越导师，这是必须的。如果在你研究的方面，你比你的导师还差，你这个硕博就是不合格的。导师不是替我们挖井的人。导师在一个井口只需要挖30米，剩下的90米必须由你来挖。或者导师只需要指着某处地面说：“往下挖会出水。”然后交给你一把镐，这120米必须由你自己来挖。研究生绝不仅仅是学习知识的人。研究生更重要的职责，是创造知识。因此，像本科那样，专业知识等着导师来教，绝不可取。这也是我们一直强调独立自主，主动学习的根本原因
本版专家zhangmt先生也发表了自己的看法：
十年前读博士，我也很固执，导师说让我实现某种功能（开发化学软件），我认为从编程的角度想，这个问题应该怎样怎样做，所以阳奉阴违按照自己思路来做，结果做出来的东西交给相关专家使用，明显被质疑。按照老板思路修改，迅即被接受。
导师导师，是指导的，不是手把手教你的——那你不是研究生，只是学生而已。
比如有一个美食家，你炒一份鸡蛋上来，他会找出10种缺点出来，而你心里不屑的想，你还未必比我炒的好呢——而你充其量也就是个厨子。
导师的idea是对整个学科领域的理解，是站在宏观的高度上看问题，判断什么课题可以做，什么课题不可以做，做什么是可行的，有意义的，做什么在现在情况下是不可行的，没有意义的，导师给你指导宏观的方向，给你提供你需要的环境条件，甚至可以指给你实现的思路，但是操作是你自己的事情，需要什么知识就去学什么知识，需要什么资料去找什么资料，需要什么素材就去申请什么素材，如果导师指给你一个死胡同或者不可能完成的任务，那是导师的错，如果怪导师没有教给你怎么操作，那你还叫什么研究生？
日增加一点内容
当有些人显示出“排斥高斯说明书，不愿看高斯说明书”的情绪，有的时候，有些人就会有人把这个帖子拿出来。
这个帖子是今年6月写的。
当我在今年8月做实习版主，9月转正之后，我的思维就有所转变了。我觉得有些时候需要对两种人区别对待。
如果你是真的想学习高斯，想用高斯，那么按照我说的去做，肯定没错
如果你只是用高斯随便算点儿东西，并不准备真的去用它，那就每走一步就问一步呗。反正以后也不会再用到高斯了。
　　不得不说，小卒版主的帖子中所说的情况是很多人搞科研时容易（甚至是故意）犯的错误，我觉得同时也体现了科研中“学”和“问”的关系，自己如何去学？如果遇到不会的问题又怎么去问？这当中是很有学问的。
　　为什么会出现小卒版主所说的那些令人郁闷的情况？不客气的说，第一个原因就是懒，什么东西都想依靠别人，只想坐享其成，没有一点钻劲。第二个原因就是胆子太小，害怕新的东西和新的挑战，当遇到科研难题时不是迎头赶上，而是能逃就逃，唯恐避之不及，进而不加思索的四处求救。更有甚者连自己的问题究竟是什么都没有搞清楚就来问，天晓得会有什么结果。甚至有的问题，连话都说不囫囵，基本概念理解的是一塌糊涂。看了这种帖子，真是让人哭笑不得。
　　其实，别人告诉你的都对吗？我的看法是“绝对”未必，很多时候，别人告诉你的可能是错的，或者是不完全正确的东西。有很多东西是必须通过自己的学习而逐渐理解，融汇最终达到贯通的，绝对不能依靠别人，这其实是一个“悟”的过程。但是，这些连小学生都懂得道理，又有几个人能做到？
　　小卒版主在他的帖子中说了一些实话，也提出了一些标准。按道理，这些标准应该是最低要求。但是，到了现在，似乎成了高标准严要求了。也不知道是社会进步了，还是倒退了。呵呵
　　来论坛的朋友可能很多，但是真正愿意分享的朋友可能不到一半，在这不到一半的朋友当中，因为分享后但却因为人气低无人支持而离开的大致也不到一半，真正剩下来的可能只有一小部分。论坛正是为这剩下来的一小部分朋友建立的，希望大家能理解。至于论坛的发展，作为管理者，我们只是出于个人兴趣建立了这个论坛，只要能交到朋友，那就够了，至于人气，我们不care，也绝不会放弃自己的坚持。真诚希望大家能够以开放的心态加入讨论交流。
　　这里的的确确是一个自由讨论的空间，您可以在这里讨论您所遇到的任何分子模拟方面的问题，没有幼稚的问题只有不会提问的人，没有人笑话你，不太懂没有关系，说错了也没有关系，我们论坛一直都在鼓励大家积极参与讨论交流，求学的道路是艰辛的，一起上路才不会感到孤独。相信有不少同学已经在论坛得到过不同程度的帮助，提出的问题得到了满意的答案或者是中肯的建议，希望你们在进步的同时也尽力去帮助后进的同学们，大家一起来发扬这种互助精神，共筑论坛的灵魂。
　　请那些还没有参与过讨论交流的同学们加入我们，不要再做一名看客一名潜水员，除了“领红包”“回帖说谢谢”“下资源”“抱怨论坛积分制度”外，也来谈谈自己的心得，跟大家讨论您所遇到的疑难，帮助解答别的同学的问题，也来做一名无私奉献的学者。
　　请怀着一颗感恩的心!!!
　　很诚恳的说一句，不管您是以何种目的来到分子模拟论坛，请确保您在这里所做的一切都是自愿并且开心的，否则请您不要发贴。论坛不是学校也不是培训机构，管理人员和版主也不是老师，在这里我们每一个人都是平等的，希望您能够为论坛营造良好的学术氛围做出努力和贡献。欢迎大家提意见，抱怨，发表不满，但是请同时也提出您觉得更合适的具体方案，我们很希望听到您的声音。
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ loovfnd(金币+2,VIP+0):中秋快乐 10-3 18:18wuli8(金币+5,VIP+0):辛苦了。 10-20 19:38yjcmwgk: 回帖置顶
对GaussianFAQ的改进建议，请在回帖。
第四章：其它问题
要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？
后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？引用回帖:对于大部分的大学和科研单位，由于资本有限，不可能购买很多数据库。只能利用别人帮忙下载一些期刊文献，但总麻烦朋友总不太好。熟话说，求人不如求己。下面我把我怎么获得免费文献的经验告诉大家，希望有所帮助。
首先我们要知道我们要查的期刊文献属于哪个数据库。至于哪些文献属于哪个数据库,例如化学期刊所属数据库列表：/blog/user_content.aspx?id=10282接下来我们就要知道各数据库的地址，我在这里列一些比较大的数据库：SD:
SPRINGERLINK:
等等......
知道这些数据库，我们就可以搜索到具体文献的下载地址，当然绝大部分文献下载要权限．你采用下面方式快速的获取你所需要的文献。
我们先来了解一下比较大的学术资源搜索论坛或网站：
诺贝尔学术资源网：
子午学术论坛：
红军长征：
萍萍家园：
红樱桃化学化工论坛：
有机化学网：
阿果资源网：
鸭绿江医药论坛：
愚愚学园：
零点花园：/bbs/index.php
龙驰学术资源网：
等等．．．．．．
在这些论坛注册之后，就可以发文献求助帖子．论坛规定一般一天只能发一个主题帖子，但一个主题帖子可以同时同时求助2-5篇文献。发主题帖子之前一定要先看一下在文献求助版面发帖子的版规（即版面规定）。一般发帖子的格式如下：
【求助原因】：
【篇& & 号】：
【题& & 名】：
【作& & 者】：
【杂志全称或缩写】：
【年份，卷（期），起止页码】：
【全文链接】：
【求助邮箱】：
每个网站发帖子大同小异，为了更快的获取你所需要的文献最好是按照各个论坛版面的规定发主题帖子。
最后一点，千万别忘记了，那就是在你获得文献之后一定要记得24小时内修改一下你发的帖子的标题，以前是求助，下载完之后要修改成成功或感谢标题。
就这样，就一切OK了。当然你也可能用其他的一些方法获取文献，比方说使用代理。（4.2）
刚刚接触量化，大侠能不能给点学习建议？（请注意跟1.2的区别，谢谢）
后续问题：我数学没学好，怎么办？引用回帖:刚开始接触的时候，先要搞明白gaussian是干什么的，在哪些方面有什么用，接下来就要慢慢研究高斯98/03中自带的例子，再上网down一些关于这些例子的资料(郭勇的《高斯使用指南》【图4】就很不错)，google一下就可以找到，里面有很多种计算方法，自己算一下，搞明白是怎么来的，结果在哪个地方，输入文件中的命令都是什么意思，然后再对应的去查一下手册，以便以后自己计算的时候随心所用。
对于数学不太好的其实也没有关系，我们在进行量化计算，他不是纯粹的数学计算，不用非得拿个数学硕士才能学高斯，我想只要把自己研究方向中涉及到的数学理论复习一下，再运用到实践中去，效果是非常好的！（4.3）
一看见量化书里那些公式就头大，没兴趣学下去了。我该怎么办？
后续问题：我以前是做实验的，理论化学的东西太难了，没信心了，帮帮我吧
后续问题：我不想学理论，我只想学学软件操作，行吗？引用回帖:我的建议是最好可以学习一下量化的基础知识，如果由于时间等问题实在学不进去，可以先把软件学会，因为那些基础的公式，理论，都被gauss公司的工程师们编成程序了，你会用就可以做出一些东西。可以简单的分析一下——当然，高水平的分析必须依赖扎实的量化基础。
你们实验室要是有以前做过量化的师兄，那更好了，和学习一下就行，没有的话也无所谓。可以自己学，软件的东西很快就可以学会。
写论文或是文章的时候可以看看人家是怎么写的，怎么分析的，学习一下。结合自己的体系，学着写。毕业论文和水平不是很高的文章应该没什么问题。
但是（这个“但是”很重要），要是你想发高水平文章，必须好好学习基础量化的知识！这是无可避免的。不好好学习量化基础知识，不可能发JPCA、JCP甚至JACS等优秀杂志。甚至可以这么说：量化基本功不扎实，JPCA、JCTC、JCP等杂志的文章，你连看都看不懂，更别提写了。如果你只想在《inter. j. quantum. chem.》《j. mol. struct. theochem》《中国科学B》之类三流、四流的杂志里混，甚至是核心A核心B这种不入流的杂志里混，那你可以不学量化知识——我不是说反语，而是指明两条道路（4.4）
高斯说明书实在看不下去，我可怎么办呢？引用回帖:1. 英文版的看不下去，有两方面的原因：一是英语，当然主要是计算化学方面的英语基础还不够；另外一方面的原因是计算化学方面的背景知识不够。如果是其中之一，请看中文版的，比较容易下载的是 G03中文用户参考手册 Zork译【图4】
2. 如果以上这本中文的都实在难以看下去，可能是上面两方面都还需要提高。如果情况确实如此，建议看 清华大学 吴国是的 G98使用入门【图11】，这本书很精简，著者在课堂讲过或者演示过，适用初学者。
3.如果最后一本都看不下去，改行吧!
水滴石穿；不积小流，无以成江海。 （4.5）
高斯自带的例子我不会运行，运行完了也看不懂，导师和师兄师姐讨论的问题，完全听不懂，这咋办？引用回帖:& &&&高斯自带的例子中运行的问题：首先要搞明白gaussian98、03如何使用（怎么样将打开输入文件，怎么样保存结果文件（不会就看手册【图4】，前几页配插图讲的很明白），然后，运行高斯自带的例子，得到结果后，下载资料，推荐(郭勇的《高斯使用指南》【图1】)，将输入文件和输出文件打开，慢慢对照着看（命令行的命令是干什么的，对应的结果在结果文件中的位置，单位），不懂的地方记下来，自己研究研究，再不会的地方就到论坛上发帖！
& &&&这个问题，倒是很可以去参看下小卒斑竹的帖子，但是看之前要有承受打击的准备哦。帖子地址：（4.6）怎么问问题，才会得到高人的回答引用回帖:（4.7）如何获得高斯中没有的基组？引用回帖:（4.8）为什么要啃高斯说明书？引用回帖:这一节是我临时起意才加上的。主要是想通过一个实例来告诉大家，研习高斯说明书的重要性。这是一位网友给我造成的契机。我在这里不点名，因为我没有任何恶意。相反，我对您充满了敬意。
有些人觉得看高斯说明书没用，我每次看见这样的帖子都心烦，但是我都忍了。但是某天我看见某位网友发了这样一个帖子，我终于不能忍了。其实也不是这个帖有多过分，而是因为这个帖子成了“超过我的忍耐力的最后一根稻草”。其实我倒是真的没有什么恶意，只是想拿这个做个示例，告诉大家，这个高斯说明书的讲解是多么齐全而且准确无歧义。
这位网友说：[quote]
在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？如果我想将第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分，第二步计算结果作为第三步的分子说明部分，第三步计算结果作为第四步计算的分子说明部分，并且每一步计算中的电荷数和自旋多重度要自己定义，每一步的计算结果都要写在输出文件中（也就是.log中）以方便最后使用gview查看结果，命令行应该如何写？同时如何用gview查看每一步的计算结果也是个问题？另外，听人说g09不稳定，这种连续计算要是中间某一步出错，整个计算就会终止，如何避免？希望大家能够耐心点给出命令行的写法及注意事项，不要一个--link1--命令行就了事，其实这里面有很多说道及注意事项的，用户手册和例子中也没有明确地说明，需要大家给出自己的使用心得与经验，谢谢大家！我终于忍不住了，就花一中午的时间，回了一个帖子（我当时不在实验室，手头没有中文版的，就暂时用了英文版的说明书来做了讲解。大家可以对照着Zork翻译版来看，呵呵，不好意思）
您说高斯说明书没有说明您的问题，那小卒我就请您看看，高斯说明书是否真的像您所谓的那样，没有对您的问题进行说明？引用回帖:你的第一个问题是：
在g09的用户手册和例子中经常看到是一个简单的分子（比如水、乙烷等）优化构型，接着计算单点能什么的。我的问题是：这两步计算是共用一个分子说明部分，还是第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分？好了我们先看看高斯说明书中关于link1的解释。在它的解释中，说明书中举得例子如下引用回帖:%Chk=freq
# HF/6-31G(d) Freq
Frequencies at STP
Molecule specification
# HF/6-31G(d) Geom=Check Guess=Read Freq=(ReadFC,ReadIsotopes)
Frequencies at 300 K
charge and spin
300.0&&2.0
Isotope specifications然后我们就要研究一下这个例子
在第二个任务的命令行中，有两个关键字Geom=Check Guess=Read。那么，我们来看一下这两个关键字代表什么
在高斯说明书中
guess关键字的read参数的解释如下
Requests that the initial guess be read from the checkpoint file (Guess=Read is often specified along with Geom=Checkpoint). This option may be combined with Alter, in which case the orbitals are read from the checkpoint file, projected onto the current basis set, and then the specified alterations are made. Checkpoint is a synonym for Read. The TCheck option says to attempt to read a guess from the checkpoint file, but to generate a new one if necessary.
geom关键字的check参数的解释如下：
Checkpoint（这个参数是check的全称）
Causes the molecule specification (including variables) to be taken from the checkpoint file. Only the charge and multiplicity are read from the input stream. For example, Geom=Checkpoint may be used by a later job step to retrieve the geometry optimized during an earlier job step from the checkpoint file. This action is safe since Gaussian will abort the job if an optimization fails, and consequently subsequent job steps which expect to use the optimized geometry will not be executed. May be combined with the ModRedundant option if you want to retrieve and alter the molecule specification in a checkpoint file using redundant internal coordinate-style modifications.
好了，到此为止，高斯说明书已经对您的第一个问题做出了明确回答：既不是“这两步计算是共用一个分子说明部分”，也不是“第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分”，而是在第二部计算的时候，从第一步计算得到的chk文件中读取分子构型。引用回帖:您的第二个问题是：
如果我想将第一步计算的结果作为第二步计算的分子说明部分，第二步计算结果作为第三步的分子说明部分，第三步计算结果作为第四步计算的分子说明部分，并且每一步计算中的电荷数和自旋多重度要自己定义，每一步的计算结果都要写在输出文件中（也就是.log中）以方便最后使用gview查看结果，命令行应该如何写？我们再来看看高斯说明书是否明确回答了这个问题：
仍然是参看geom关键字的check参数的解释。从这个解释中我们可以很容易的读出它的含义，只要使用了这个参数，那么每一次计算得到的chk文件都会被下一部计算所读取。那么您仍然按照高斯说明书中对link1举的例子，来写您的多步计算任务不就成了？难道还有别的疑问吗？
你所谓的规定不同的自旋多重度，也在高斯说明书中有明确定义。
geom关键字的checkpoint参数的解释中有很明确的一句话Only the charge and multiplicity are read from the input stream.在allcheck这个参数中也有很明确的一句话Causes the molecule specification (including variables), the charge and multiplicity, and the title section to be taken from the checkpoint file.
这样，答案已经很明确了。如果您使用的是check参数，那么电荷和自旋多重度，高斯请您自己输入。如果您使用allcheck参数，那么电荷和自旋多重度，高斯从上一步计算任务中读取。您看，还有比说明书更明确的回答吗？引用回帖:您的第三个问题：
听人说g09不稳定，这种连续计算要是中间某一步出错，整个计算就会终止，如何避免？我还是从说明书的解释中来直接回答您的问题：
在高斯说明书中关于菜单Process Preferences的End Batch Run on Error这个选项的解释如下：
End Batch Run on Error: Toggles whether to halt batch processing when an error occurs, or to skip to the next job in the batch and keep going. (Default ON). Note: If this feature is active and an error occurs while processing a batch, the batch start entry value is set to the file that caused the error.
看完这句话，我还用多说什么？您的问题并不是高斯是否稳定的问题，而是您de参数的问题。为了解决您的问题，您把End Batch Run on Error这个选项勾掉就行了。还有比高斯说明书更明确的解答吗？引用回帖:您最后还发了一通感慨：
希望大家能够耐心点给出命令行的写法及注意事项，不要一个--link1--命令行就了事，其实这里面有很多说道及注意事项的，用户手册和例子中也没有明确地说明，需要大家给出自己的使用心得与经验，谢谢大家！现在您回答小卒我：您现在觉得高斯说明书没有明确给出您的问题答案吗？事实上，高斯说明书是一个非常全面的高斯指南。事无巨细，面面俱到！我们都是做科学的，没有调查就没有发言权。高斯说明书对某某问题的解答就白纸黑字地写在那里，您却说高斯说明书没有说某某问题，您是不是太武断了些？更让我感觉不解的是：您希望网友们“耐心点给出命令行的写法及注意事项”之前，是不是自己应该耐心点读一读说明书呢？中国古语：“己所不欲勿施于人”，您自己不愿意耐心点读一读说明书，就不要怪罪网友们不愿意“耐心点给出命令行的写法及注意事项”了吧。
（4.9）理论化学和计算物理应该投什么杂志？引用回帖:括号内所写的IF均是2009年6月公布的影响因子
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综合类杂志：
纯量化当然可以发很高档次的综合性期刊上了，如JACS, Angew，ChemEurJ等，Nature和Science上关于纯量化的也有过。不过那必须是大牛，而且一定是实验人能看懂的。很多时候，理论工作被高档次综合性期刊拒稿，并不是理论工作做的不好，而是做的太专业以至于只能在小圈子里自娱自乐。
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大型专业杂志：
J. Chem. Phys.(简称JCP)【IF=3.1】
美国物理联合会老牌杂志，审稿人2-3个，从投稿审稿到出版系统完善，速度快，业内评价高，是物化领域最朴实最归真口碑不说最好也是之一的杂志。很理论的杂志啊，一般都是量化的方法发在这上面，欧洲人特别喜欢往这上面头。要求很有新意，偏重方法的新意，审稿速度快。JCP侧重与新的化学物理思想 ，常规的量化计算不容易中（老板很牛的除外）。
J. Phys. Chem.(简称JPC)【A：IF=2.9；B：IF=4.2；C：IF=3.4】
美国化学会老牌杂志，审稿人2-3个，从投稿审稿到出版系统也很完善，速度适中，业内评价亦高。JPC分为4个子刊：JPCA、JPCB、JPCC和JPCL。JPCA一般量化的都可以投，对新意要求一般，偏重于应用。而JPCB中的量化涉及生物分子体系的基本上都是可以被采用的，不过这两个刊物都要求工作必须做得系统，得到系统性结论。JPCC比较要求新意。JPCL刚刚出炉，静观其变。ABCL四个子刊主要是侧重点不同，即使你投的B编辑也可能会内部调整转到A。
实际上JCP和JPC两本杂志，基本上把理论与计算化学的两个领域全包了。JCP偏物理，JPC偏化学。它们的影响因子并不是最高的，但是他们文章数量很大，胸怀宽广兼容并蓄，历史积淀很深，内容翔实可靠，实为物化领域两朵金花。只要是JCP和JPC的文章，都是拿得出手的。
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其他专业或非专业杂志
ChemPhysChem(简称CPC)【IF=3.6】
偏化学，一般物理材料内不投稿。果然不愧为2个c，因子在cp类可算最高呢，可是那个P貌似优点不大副实，算不上。审稿速度还可以35-40天有消息，不用推荐审稿人，审稿意见中两个审稿人，上面的文章都不错，对量化的要求是有很好的创新性。
PhysChemChemPhys(简称PCCP)【IF=4.1】
是几个欧洲物理学会老牌杂志的联合体，现由皇家化学学会打理。近年来影响因子飙升。不过一般教授都认为jcp jpc杂志因子虽低于pccp，但更看重前者。与cpc相比，有一个缺点就是限制图及文章字数。cpc放的比较开，没任何限制。不过PCCP越来越难中了，现在整的象JACS似的，据稿率会超过70%，最近接受的文章中国人的很少 投的可是大有人在。如果你觉得文章写的不错可以试一下，PERSPECTIVE的文章还要求要自己的照片，哈哈很光荣的。
J.Compute. Chem.(简称JCC)【IF=3.4】
这个今年影响因子大跌，以前可以看到很多量化的文章，不过现在在分子模拟这一块似乎比较多。个人感觉偏重方法。JCC上有很多引用率超高的文章，但大部分是引用率超低的文章。
J.pute.(简称JCTC)【IF=4.3】
ACS旗下的，偏重理论方法学的研究。如果你是纯理论的，就别投了，不对口。如果你是做纯计算的，也别投了，也不对口。理论和计算的桥梁，JCTC喜欢。JCTC这个杂志不要跟JTCC搞混。JTCC的全称是Journal of Theoretical and Computational Chemistry。JTCC跟JCTC不能比。
J. Chem. Inf. Model.【IF=3.6】
和JTCC内容类似，ACS刊物。
Theo. Chem. Acc.【IF=2.4】
总体质量一般，但偶有佳作。这个杂志的卷号是跨年的，所以我也搞不清一年出几期。大约3-4周1期，但一般是两期合订本。
Int. J. Quant. Chem.【IF=1.3】
大名鼎鼎的Slater创办的老牌刊物，不过现在沦落成了一本著名的灌水杂志。内容类似于Theo. Chem. Acc.。平均3-4周出一期。如果毕业后不打算从事科研工作，或者急于凑文章毕业，可以考虑这个刊物，但老在上面混，会伤人品的。
J. Mol. Struc.【IF=1.6】
J. Mol. Struc.和THEOCHEM共享卷号，因此两个期刊的卷号都是不连续的。J. Mol. Struc.接受实验，以及理论加实验的文章，名声比THEOCHEM好得多。
J. Mol. Struc. THEOCHEM【IF=1.2】
简称THEOCHEM。另一本著名的灌水杂志，如果毕业后不打算从事科研工作，或者急于凑文章毕业，可以考虑这个刊物，但老在上面混，会伤人品。不过也不能一棍子打死，有些思维怪异、人品高到一定级别的大牛，也往上面发表文章。他们已经不在乎这个了。
Mol. Phys.【IF=1.5】
分子物理领域的刊物。不收原子、周期体系的理论文章。半月刊。
Phys. Rev. A【IF=2.9】
每月1期，非常厚的一大本。几乎每期都有一两篇分子量子理论的文章，和JCP的理论板块类似。
Phys. Rev. B【IF=3.3】
每月4期，接收凝聚态第一性原理模拟的文章。能带理论方面的新方法也经常在上面发表。
J. Phys. Cond. Matt.【IF=1.9】
从J. Phys. C卷改名而来，英国物理学会期刊。内容类似于Phys. Rev. B。几乎一周一期。
J. Phys. B【IF=2.1】
英国物理学会期刊。发表原子、分子物理的内容，如分子结构、原子分子光谱、碰撞、辐射等。半月一期。
J. Phys. A【IF=1.5】
英国物理学会期刊。内容为纯数学方法，可能和emucher有关系的是Monte Carlo、Ewald，但一年不会有一两篇。几乎一周一期。
J. Comput. Phys.【IF=2.3】
内容和J. Phys. A类似，半月刊。这个杂志不要跟J. Chem. Phys.搞混了。他俩地位可不一样
Inorg. Chem.【IF=4.1】
ACS刊物，经常有理论计算，或者计算实验相结合的文章。如果是给实验工作者看的理论文章，倒是可以考虑它。不过理论文章不能太专业，一大堆公式人家是不收的。
Comput. Phys. Comm.【IF=2.1】
这个杂志上经常发表一些量化、凝聚态模拟方面的理论方法和源程序。
J. Mol. Graph. Mod.【IF=2.3】
发表的文章少，1个月才出一期，每期才100多页。内容比较传统，但是要求工作做得系统。
Chem. Phys. Letter 【IF=2.5】
很不错的杂志。貌似是CP领域唯一的纯letter杂志。审稿速度快，文章数量很大，权威性也挺不错的。（4.10）
关于发文章的等级问题引用回帖:其实这一段，小卒的观点是有待商榷的。这一段也不是我自己的意见，而是许多人的意见的汇总。这些人，呵呵，其实跟你我一样，都是硕士生或博士生。同龄人献身说法，不知道对大家有没有借鉴意义。
（1）影响因子是研究生的命根子
我的导师曾经说：“不要光看影响因子，还要看它在本领域的地位。PCCP的IF虽然高于JPCA，但是它还不成气候”云云。还见到一位老先生说：“多看看杂志SCI论文收录数和总引用数，IF是次要的”
不过，咱们做学生的，奖学金标准，毕业标准，哪一个不是跟IF紧密相连的？什么时候我们成了博导教授，评上了院士或者长江学者等学术称号，我们才可以悠悠的说：“IF不能太看重……”
说“IF不能太看重”的人，有两种：要么自己水平有限不能发高IF文章；要么就是一大堆高IF文章已经攥在手里了，站着说话不腰疼
其实投杂志就想买股票，你永远不知道明年它的IF的升降。
XX大学化学与化工学院学院（真名隐去）要求“单篇论文IF大于4”，或者“虽然没有IF大于4的论文，但是SCI总篇数大于或等于3”，才能允许毕业。几年前的一件趣闻：某人拥有2篇SCI论文，其中有一篇InorgChem。当年InorgChem的IF是3.9，学院里跟他较真儿，就说他，没达到毕业标准（其实按照毕业要求，也确实是刚好没达到）。该学生很郁闷，只好延期。结果当年7月份，新IF出炉，InorgChem超过4了，他一蹦多高，立刻联系毕业，随即，8月份，答辩，毕业，走人！完美注解了这个成语“柳暗花明又一村”
听说有些老怪物（本领域的大牛级人物，属于高级杂志随便灌的那种级别的）喜欢把自己的文章投给低杂志。投完了还会加一句：“看什么看，我就愿意，怎么着吧？”但是身为无名小辈，我们绝不能这样做，我们必须能投多高投多高。
牛人投牛杂志，那是理所应当，水平高嘛，受人景仰；牛人投破杂志，那是给这个杂志面子，更显示了牛人宅心仁厚，颇具爱心嘛，还是受人景仰。
无名小辈投高杂志，牛人会说“这小子还行！”如果无名小辈发了一大堆低杂志，不用牛人评价您了，光同学就能鄙视死你。
（2）关于二级杂志和一级杂志（这是另一个身为在读研究生的小牛跟我说的，让小卒佩服的五体投地）
如果你看到一个人的履历上写有这种字样：“在读期间，发表Inorg.Chem.2篇，发表J.Phys.Chem.2篇，发表J.Mol.Struct.Theochem3篇、中国科学B一篇……”，你说大牛们看见这份简历，会怎么说呢？他们一定会说：“这家伙挺勤奋的，但是没有什么大的前途，就是个二级水平罢了……啊？居然还有J.Mol.Struct.Theochem这种三流杂志？……等等，还有中国科学B这种末流杂志？不要！不要！”
但是，只要能在这份履历中增加这个字样：“发表JACS一篇”或者“发表Angew一篇”，或者“发表ChemEurJ二篇”，这时候，大牛们看见这份简历，会怎么说呢？口气彻底变了：“这小子还不笨！研究水平达到了一流水准，证明他的能力还不错；而且二级杂志也不少，证明他的研究领域宽泛，这小子的知识面还挺广的，孺子可教也……感觉这小子还挺有钻研劲的，从中国科学B这种末流杂志起步，一路研究，最后发到了JACS这种一流杂志，不错不错……”
你看，只要有一两个一级杂志领衔，你所发的所有二级杂志立刻就会被重新估价。
所以，作为在读硕博，我们必须追高杂志，追高IF……路漫漫其修远兮，吾将上下而求索。
我这样说其实很功利。真正投身于科研事业的人，请您不要理睬。[ Last edited by yjcmwgk on
at 08:57 ]
(文坛精英)
在线: 1525.5小时
虫号: 448368
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ loovfnd(金币+3,VIP+0):SCF不收敛的标志什么的说清楚了最好了，呵呵，中秋快乐！ 10-3 15:04wuli8(金币+10,VIP+0):辛苦了。 10-20 19:37yjcmwgk: 回帖置顶
对GaussianFAQ的改进建议，请在回帖。
第二章：Gaussian使用：
版本一：高斯能不能做XXXXXXX方面的计算啊？
版本二：高斯的主要功能是什么？引用回帖:　　　分子能量和结构
　　　过渡态的能量和结构
　　　化学键以及反应的能量
　　　分子轨道
　　　偶极矩和多极矩
　　　原子电荷和电势
　　　振动频率
　　　红外和拉曼光谱
　　　核磁
　　　极化率和超极化率
　　　热力学性质
　　　反应途径（2.2）
请问2070是什么错误啊？
后续问题：什么是log/out文件的错误提示啊，在哪儿看啊？引用回帖:2070错误
　　　最基本的解释就是，你的系统在安装了g03/g09之后，运行时对内存调用出错.....
　　　解决措施：
　　　　　　1 更换稳定版本的系统， 采用完整的正版系统.
　　　　　　2 使用linux平台，采用稳定版（非最新版）， 如果linux下遇到Segementation Fault,在找别的方法处置， 一般只需一个指令，就可以一劳永逸....
　　　对于一个新手，你不必管什么是2070错误。是什么错误应该看最后终止在哪一步，例如L1就是命令行里有错误，L301通常是自选多重度错误等，而且在结果文件中最后部分会给出错误的原因（就是error termination这一行【图7】），以便联查修改！（2.3）
scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？引用回帖:　　　虽然二者有联系，但实际上是两个相对独立的问题，要分开回答。
　　　这里提供的只是解决方案，所有的方法都用上了还是不收敛得情况也是有的。
　　　首先要分清scf不收敛和几何构型优化不收敛：scf不收敛指的是自洽场叠代不收敛（什么？没听说过什么叫自洽场？那还是回去学习些量化基础知识再开展计算吧！），可以认为是对指定结构的波函数不断优化的过程，是为了找到这个某个指定结构下能量最低的波函数，而几何构型优化是对结构的优化的过程，是为了找到某个指定的组分下能量极小结构（注意，不一定是能量最小结构）。在量子化学计算的几何构型优化中，每一步的几何构型优化都包含的很多次的scf计算。
　　　1、scf不收敛的解决方案。
　　　　　　(1) 可以加大scf的循环次数，默认的循环次数是128次，通过scf=(maxcycle=n)来设置最大循环次数n。建议不要超过512，更多的循换没有必要。
　　　　　　(2) 如果加大循环次数不管用，在分子有对称性的情况下，使用scf=dsymm关键词来强制密度对称，有时可以收敛。另外，此关键词很多时候对"scf is confused”这种错误很管用。
　　　　　　(3) 使用scf=symm关键词，使用的前提同上，有时可以收敛。
　　　　　　(4) 如果(2)(3)两步都不行，可以将对称的分子中的某几个原子的位置微调，使分子丧失对称性。这等效于nosymm关键词，但个人经验，这种方式比nosymm好用的多。
　　　　　　(5) 如果还不行，只能拿出杀手锏了，就是使用qc，但不建议直接使用，而是使用xqc关键词，比如scf=(maxcycle=80,xqc)，意思是如果scf正常计算(dc)在80个循环之内不收敛才进行昂贵的qc计算，因为scf不收敛多数在几个优化的过程中出现，无法判断哪一步优化的时候会出现scf不收敛，所以用xqc比纯粹使用qc要省时的多。
　　　　　　(6) 中级用户可以在输入文件的井号“#”开头那一行井号后面加上字母"p"来输出更多的信息，其中就有自洽场叠代的信息，分析原因可能会对采用什么方法提供指导。
　　　　　　(7) 前面有虫子提到一个有用的方案但没说清楚，我这里补充一下：如果用用小基组计算，scf可以收敛，那么保存好检查点文件，换成大基组的时候从检查点文件中读取初始猜测(使用guess=read关键词)，有时可以算过去。
　　　　　　(8) 如果你计算中使用了含有弥散函数的基组（比如6-31+G*基组中的“+”，Aug-cc-pVTZ基组中的Aug等），可以先去掉弥散函数（比如例子中的两个基组变为6-31G*和cc-pVTZ），这样很容易收敛，需要的话，换成带有弥散函数的基组时，从检查点文件的读初始猜测。原理与(7)类似，有时候管用。
　　　　　　注意：(7)和(8)不适合很大的体系，此时，使用小基组或者不带弥散函数的基组与后来使用的大基组在基组数量上差得太多（如果你本来就遇到了scf收敛问题，而使用这两个方案时，机组数量差距超过512个，多数时候要出问题），反倒容易引起scf不收敛，因为读检查点文件时，对那些多出来的基组的猜测是空的，而直接计算时最起码还有个半经验的计算提供了相对合理的初始猜测。
　　　　　　(9) 上述方法有时可以组合使用，如果经过各种组合处理都不收敛，那么放弃吧，你的分子的电子结构太差了。
　　　2、几何构型优化不收敛的解决方案。引起这个问题的原因比较多，可能也说不全，尽量做到全面。
　　　　　　(1) 如果是很小的分子（10原子以内），初始结构可能离平衡结构比较远，又在输出文件优化的最后一步判断是否收敛的位置（可以通过查找Threshold字段找到，它下面有四个判断项，都是YES才代表优化收敛）看到了“-- Number of steps exceeded,&&NStep=xxx”，可以通过加大优化的循环次数来解决问题。使用关键词opt=(maxcycle=n).
　　　　　　(2) 优化到如果四个收敛标准中前两项早就收敛了，而后两项尤其是第三项不收敛，这需要判断原因。如果每一步优化过程中的能量始终在下降，那么可以继续让他算，超过了最大步数停掉了的话把结构拿出来，重新提交就行了。如果能量忽大忽小出现跳跃，说明遇到了比较平坦的势能面，或者优化的算法不好。此时建议按如下顺序处理：
　　　　　　　　　a. 使用opt=maxstep=n来缩小最大步长，即原子移动的距离，n的默认值是30，只能设置整数。
　　　　　　　　　b. 使用关键词opt=gdiis，很多时候可以很快收敛。
　　　　　　　　　c. 使用opt=calcfc关键词，在几何优化的第一步计算力常数，为优化定一个大方向，类似在第一个三岔路口选一条路。
　　　　　　　　　d. 使用opt=calcall关键词，在几何优化计算的每一步都计算力常数，类似于在每一个三岔路口都来选一条路。这个关键词不到万不得已不要使用，非常耗时。
　　　　　　(3) 四个判断标准的后两项早就收敛了，但前两项似乎固定在某个数值上了。遇到这种情况，首先去检查你优化第一步的时候给出的每个轨道得本征值部分，也就是轨道的能量，如果HOMO和LUMO的能量相同或者非常接近，那么你的设置有问题，即自旋多重度不对。如果HOMO-LUMO能量没问题，那么将目前的计算停掉，提出结构，使用opt=gdiis关键词，很多时候管用。
　　　　　　(4) 如果是在几何构型优化的过程中出现因为scf不收敛导致无法优化，可以先用上面scf不收敛的解决方案来处理，如果都不行，可以通过在#后面添加p输出更多信息，如果看到每次scf能量都能收敛到10的-6次方以下然后开始出现能量的跳跃，就是收敛不到10的-8次方（这种情况还比较常见），可以使用scf=(conver=6)来让几何优化继续下去，等优化好了，再将此关键词去掉，我的经验，优化的结构一般不会有太大的差异。如果不到10的-6能量就开始跳越，不适合此方法。
　　　　　　(5) 如果几何优化过程中发现键变得异常短，而且此时几何优化总是不收敛。遇到这种情况，问题出在你的基组使用，肯定是使用了赝势基组却没有读入赝势。由于赝势基组将内层电子和原子核用一个有效核心势来表示，你没有读入赝势就说明没有读入这个有效核心势，那么相当于把原子的内层电子都给除掉了，巨大的核引力把原子之间的距离变得异常短也不足为奇。
比较通俗的解答请看2.10（2.4）
Gaussian并行效率如何？引用回帖:暂时的最佳答案
　　　这个一般要看你的节点数 和 CPU 以及内存
　　　集群测试环境：
　　　操作系统：CentOS4
　　　1个管理节点：2×CPU5410 16G内存 5×300GSAS硬盘做RAID5
　　　8个计算节点：2×CPU5410 16G内存 2×143GSAS硬盘RAID0
　　　以太网络链接：千兆网，TCP/IP协议
　　　G03D01并行版（Linda7.1）
　　　任务说明：主要测试并行SCF，共882个基函数，无对称性。
　　　======================
　　　CPU数&&运行时间&&效能
　　　&&n& && & xn& && &e
　　　--------------------
　　　&&1& && & 1920 　
　　　&&2& && & 1314& &1.168&&
　　　&&4& && &&&803& &1.157&&
　　　&&6& && &&&611& &1.334&&
　　　&&8& && &&&527& &1.648&&
　　　&&10& && & 479& &1.992&&
　　　&&12& && & 455& &2.416&&
　　　&&14& && & 434& &2.797&&
　　　&&16& && & 432& &3.355&&
　　　======================
　　　效能e是我自己定义的：e=(n*xn-1*1920)/(1920-xn)
　　　其中分子表示用n个CPU并行处理时比单个cpu多付出的cpu时间（计算资源而非实际时间），分母表示用n个CPU并行时节省的实际时间。
　　　效能e体现的是以单个CPU运行的时间为基础，用n个cpu并行运行任务时，每节省1秒钟实际时间所需要付出的CPU时间代价即计算资源。其值越小越好。
e即考虑了实际时间的节省又包括了计算资源的消耗。
　　　从上表可以看出，当使用两个计算节点4个CPU时，e最小，并行效率最好。因此推荐使用4个CPU并行计算单个高斯任务，兼顾速度和效益。（2.5）
什么是自旋多重度？怎么设置？
后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？引用回帖:量子化学中用到的自旋多重度是用来区分一组简并的波函数，这些波函数之间只存在自旋角动量的不同。【图8】
自旋多重度定义为2S+1，其中S是自旋角动量，它与体系内的单电子数(N)相关。S=N/2，所以说到底最简单的判断方法：自旋多重度等于单电子数+1。
怎们判断体系单电子数需要计算者对自己研究的体系有着深入的了解，这是开展科研的前提，不是偷懒的理由。
但有一点可以提醒Gaussian初学者，计算体系总电子数时需要加上体系的电荷，这样才不会算错单电子数。
如果实在无法判断到底有几个单电子，那么根据体系的总电子数，算各种可能情况，找那个能量最低的。
体系总电子数为偶数：自旋多重度可能是1,3,5,7....
体系总电子数为奇数：自旋多重度可能是2,4,6,8....
===============
现在介绍自旋多重度=2S+1的由来，没兴趣的略过，有兴趣可以参考。
大学的化学书中提到了决定原子中每个电子唯一性的n, l, m, 和m(s)四个量子数，其中这个m(s)就是自旋量子数，理论研究表明它只有两个值，即：+1/2和-1/2，由于现在绝大多数量化计算都是基于原子轨道线性组合分子轨道的方法，所以此套参数可以扩展到分子体系，只不过换了个说法而已。
如果一个原子轨道或者分子轨道的两个自旋轨道是充满的，因为其他三个量子数都一样，那么两个自旋量子数可以相互抵消，也就是这个轨道对体系的自旋角动量不产生贡献。
如果体系中所有的占据轨道的两个自旋轨道都是充满的，那么整个体系是没有自旋角动量，也就是只有一种自旋状态（没有自旋）。如果体系内有一个占据轨道之占据了一个自旋轨道，而另一个自旋轨道是空的，那么体系的就分成了两个部分，一部分是没有自旋的全部充满的轨道构成，另一部分就是这个单电子产生的+1/2或者-1/2的自旋，所以此时体系的自旋多重度是2，如果体系有两个以上的单电子，根据电子排布规则，这些成单的电子优先占据与其他单电子占据的自旋方向一致的自旋轨道，所以从这个角度来说，这些电子之间的自旋是不能抵消的，而只能累加。这样就导致体系分成了单电子数+1个部分，即全充满的所有轨道是一个部分，而单占据的每个自旋轨道又是一个独自的部分，体系的自旋多重度就是单电子数+1。
由于每个单电子产生|1/2|的自旋，那么根据自旋多重度=单电子数+1，自旋多重度也就等于总自旋2*|N*1/2|+1，而绝对值符号中的部分正是体系总自旋角动量的表达式，即S，这也就是自旋多重度=2S+1的由来。（2.6）
什么是基组啊？什么是混合基组啊？怎么个写法啊？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。什么是你们所谓的Gauss基函啊？基组大小你们又是怎么知道的呢？
后续问题：请问6-311++g(3d2f,2pd)中各项的含义是什么啊？引用回帖:& &&&基组是体系轨道的数学描述，对应着体系的波函。将其带入到薛定谔方程中，就可解出体系的本征值（也就是能量）。混合基组就是对不同的原子使用不同的基组！写法如下：
在命令行加入gen Pseudo=Read
6-311++G**
& &&&Gaussian中常用的分子轨道是名为高斯轨道的高斯函数的线性组合。基组是体系内轨道的数学描述。大的基组由于对电子在空间上有小的限制而具有更大的精确性。
& &&&基组的大小：最小基组包含了描述轨道的最少的函数数量。例如STO-3G 是最小基组，每一个基本函数中含有三个高斯函数。增大基组的第一个方法就是增加每个原子基函数的数量。分裂基组，比如3-21G 和6-31G，对于价键轨道都用两个函数来进行描述。我个人认为大的基组就是加入限制，对体系的描述多。
& &&&6-311++g(3d2f,2pd)中表示：增加了更多的极化函数，包括三组分裂的价键基组，在重原子和氢原子上加弥散函数，在重原子上加的三组d 函数和两组f 函数，在氢原子上加的两组p 函数和一组d 函数。
& &&&如果你不知道你所选择的基组群的计算规模，你可以加入一个命令%kjob L??? 1，合适的Link下，添加一个kjob命令，来测试你的机组规模。
& &&&解释：%KJob LN [M]指示程序在执行Link N的第M个事件之后停止。例如%KJob L502 2表示执行模块502两次后停止。如果M值省略，默认值为1。
& &&&对于第二周期元素，几个常用基组的基组规模测试结果
& && && && && && && && &basis functions& && && & primitive gaussians
sto-3g& && && && && && && &&&5& && && && && && && && &&&15
3-21g& && && && && && && && &9& && && && && && && && &&&25
6-31g*& && && && && && && & 15& && && && && && && && &&&28
6-31+g**& && && && && && &&&19& && && && && && && && &&&32
6-311++g**& && && && && && &22& && && && && && && && &&&36
6-311++g(3df)& && && && && &39& && && && && && && && &&&58
6-311++g(3d2f,2pd)& && && & 46& && && && && && && && &&&68
sddall& && && && && && && &&&8& && && && && && && && &&&16
tzvp& && && && && && && && &19& && && && && && && && &&&35
aug-cc-pvdz& && && && && &&&23& && && && && && && && &&&43
aug-cc-pvtz& && && && && &&&46& && && && && && && && &&&73
aug-cc-pvqz& && && && && &&&80& && && && && && && && & 127
aug-cc-pv5z& && && && && & 127& && && && && && && && & 209
aug-cc-pv6z& && && && && & 189& && && && && && && && & 326
具体测试方法见(2.7)
怎么选择泛函，怎么选择基组？引用回帖:这不是一句话能说清楚的。
关于这个问题，有篇文章讲得特别好
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以下均为个人经验，搞错了不负责
《什么样的泛函和基组的组合，适合做的事情》
这些都是我自己科研经验和以前读的文献的总结。也没写什么参考文献，就是随便扯扯，这就全凭自己的经验和记忆啦，想到哪儿写到哪儿。这里面肯定有不对的，甚至有荒谬之极的东西，还请大家指正。也希望自己抛砖引玉，其他高手也讲讲自己的经验。
很少见到高手们总结自己的科研经验和阅览的文献。小卒我这个屁股上还没褪干净蛋壳的小菜鸟，只好抛出一块又丑又粗糙的破砖，引引高手们的美玉啦。
以下探讨均不涉及cluster。主要是有机化合物、以及金属离子和有机配体组建成的配合物。其计算也都是基于单个分子的计算。周期体系不在考虑之列——这是一句无奈的词句，因为我的研究方向不在此处，所以我确实没有仔细思考过它们
1分子结构、键长和键角：
对于比较轻的元素，比如CHON之类，b3lyp/6-311++g**就很优秀，如果把基组加到了aug-cc-pv?z的程度，就没什么大的必要了。有人甚至说，Cl以前的元素用6-31g就好，如果有孤对电子加个d就行了，如果带负电荷就加个弥散。
对于一些中等重量的元素，LanL2DZ或者DZVP之类的基组就不错啦，没必要加更高的机组了，加了也是浪费。Fe的LanL2DZ有人换成SDD试过，换了以后得到不同基态结果 ，千万小心使用SDD。第一行过渡金属，如果只有一个，那么6-311+g*的计算量还是可以承受的；两个及两个以上，非赝势很难算。lanl2dz和sdd都是比较好的选择。除非做单点算，否则非要上mp2算就没太大必要了。
再重一些，比如稀土，LanL2DZ就不行了，M. Dolg先生搞出来的那个基组，斯图加特RECP的[5s4p3d]-GTO占了大部分市场份额。而泛函选择上，百分之四十用的是B3LYP，百分之四十用的是B3PW91，百分之五用的是MPn族，百分之五用的是CCSD(T)族，百分之五用的是PBE族，百分之五用的是经过改进的半经验。有时候还要自己选择，是用小核赝势呢，还是大核赝势呢。听说ADF用PBE/DZPZORA处理稀土，效果也不错，但是我没用过。
有金属的时候，据说tpss不错，但是我也没用过，不敢说。
这里我要批一批我偶然见到的一个文献：Int.J.Electrochem.Sci. 5-307，伊朗的一群人做的工作。他们居然用6-31G*计算稀土元素，这简直是扯淡，大家不要学他。
半经验方法中，处理CHNO之类的元素，AM1和PM3都不错，PM6也很好，他们可以作为我们前期粗略优化的手段。不过要注意AM1处理共轭体系不太好。有人用Sparkle/AM1和Sparkle/PM3处理稀土元素。精度并不是多么好，但是极大地减轻了计算量，可以说还是很有成效的一个工作。不过这里不探讨半经验，仅仅探讨密度泛函，所以不多说了。
一个例子：[Fe(CN)6]3-，我会选择B3lyp/genecp来优化其分子结构，然后用PBE1PBE/genecp来计算其电子结构。genecp对应关系如下（其实，这个混合基组有自己的专门的名字，叫做LACVP+*）
分子结构计算结果的优劣可以用有2种方法加以检验，一是与可获得的实验数据进行对照（但不要忘了实验数据本身只是接近事实，而不是准确事实的本身，因为它们仍然是有误差的），二是在优化结构的基础上计算性质，同样的，还是要拿计算结果与更为有限的性质实验测定结果（它们同样有误差）进行对照。这充分体现了人类认识自然规律的有限性——我们总是只能获得相对真理。由于现有的计算理论本身在处理相关能和相对论效应时有很多困难（理论的和实际计算上的），所以，本人的研究都不涉及重金属，而只做轻元素体系，多为生物分子体系，大量的计算实验表明DZP加弥散基组与B3LYP的结合所得的结果可靠，所以一直使用。个人的精力是有限的，无法大量进行方法的尝试与鉴别，所以，只有大量阅读文献来弥补。实际上，就轻元素物质的结构而言，6-31++G**的结果已然非常不错了，但在计算性质时不妨对基组适当选择。如前所述，因为实验有误差，所以有时实验并非一定可靠，更重要的是，有的性质的测定，实验上是不可能进行的（至少目前是如此），因而，计算怎样走在实验的前面，恐怕值得思考。
RI-DFT、RI-MP2方法，能比常规方法快一个数量级，但精度接近。此外还有RI-CCSD、RI-CCSD(T)等，不过用得很少。Gaussian 0x的话可以试试纯GGA+密度拟合，不会比ADF的同类方法差太多。
氢键的计算，还是以b3lyp、b97-?、pwb6k、b2plyp、b3p86、pbe1pbe、mpw1k这几族泛函比较好。基组的话，还是aug-cc-pv?z、mg3s好一些。其实劈裂价键基组也不错，但是必须加“大弥散”和“高角动量”，因为氢键还是比较弱一些，氢键对应的波函数必须加大离域程度。
其实氢键还算是一个比较好算的东西。流行的DFT中，除了OLYP和O3LYP之外，基本都有一定精度。氢键的计算，基组的选择影响大一些，大弥散基组是必须的。
虽然dft在研究氢键方面也一直有人在用，但现在大多数的审稿人总是对这种方法持怀疑的态度，因为对扩散相互作用，dft无法预测，而审稿人更为信任的是mp2，而且一般需要大基组来计算，如aug-cc-pvdz,aug-cc-pvtz等，但如果无法完成这些基组，一些低一些的基组来做计算也是可以被接受的，如6-31G++(d,p),6-311G++(d,p)等，但bsse校正是做氢键方面一个必须要做的一部分。如aug-cc-pvdz,aug-cc-pvtz等这些大基组，bsse似乎影响不大，可以不做。
3远程弱作用
远程作用就比较扯淡了。B3交换泛函彻底完蛋。虽然我主要也是B3LYP阵营的人，但是要我在这个领域夸夸B3LYP，我还真不能瞪着眼睛说瞎话。这个领域DFTB和DFTB+曾经试图在这个领域做些贡献，但是成就并不是很大。比较成功的是DFT-D，包括b97-d,b2plyp-d等等这些加上dispersion项的DFT了。
Truhlar的泛函 M05, M05-2X, M06, M06-2X等等可能只适用于某些体系，对于有些体系，照样给出糟糕的结果。LDA居然能出乎意料地给出vdW作用，而其他GGA泛函都不行。这应该是个偶然，可能是正负误差相消的结果。比如，用LDA优化出的石墨层间距和实验值符合得相当好。PBE-D方法总是倾向于高估vdW作用。
远程作用还有别的选择——尽管它会大大增加计算量
一种选择，使用MPn，还是不够准
另一种选择，是把MPn改造成SCF-MPn，计算量忒大
再一种选择，使用CCSD(t)之类的，……呃，还是算了吧，计算量我更受不了。
文献常见的高斯09的方法有：MPW1KCIS，MPW1B95，MPWB1K，jiewei先生推荐基组tzv(2d,2p)/QZV3P。MS的话一般用GGA/PEB。
基组问题：算远程作用必须用极大的基组——这是一句废话，因为你要让两个分子相互作用，那么它们的波函必须能“够到对方”才行。从TZV(d),到TZV(d,p),到TZV(2d,2p),到TZV(2df,2pd),到TZV(3d2f,3p2d),……继续加吧，能加多高，就加多高，算远程弱作用，您永远别吝啬你的资源。当然，我绝不反对你使用DZV族
另一个选择：从6-311++g(d,p)，到6-311++g(2d,p)，到6-311++g(2df,2pd)，到6-311++g(3df,3pd)，到6-311++g(3d2f,2p2d)，……继续加呀加呀加呀加！
再来个选择：从aug-cc-pvtz,到aug-cc-pvdz,到aug-cc-pvqz,……子子孙孙无穷尽也
听说过一族巨型机组，叫ANO基组，当然还有它的一些变体。ANO规模很巨大，算的能量相当精确，但是对于分子性质没有那么好的效果。
4多加一句：关于核磁，给某些人提个醒儿
昨天，有人在qq上问我，他说核磁计算结果与实验值相差太大。我问他你用啥算的？他说是b3lyp/6-31g*。我直接就无语+仆街了。
很多人习惯用6-31g*。这确实是一个很优秀的基组。但是您居然扛着6-31g*跑去算核磁，误差不达到百分之一千才怪。算核磁最小的基组，至少要用6-31++g(d,p)。这已经是最低要求了，不能再低了，建议使用6-311++g(2df,2pd)或更高(2.8)
NBO是什么？怎么用啊？引用回帖:这也不是一句话能说清楚的。
关于这个问题，yjcmwgk写过3个中文教程
一篇基础理论，一篇具体理论，一篇应用
另有权威的NBO Manual
消除虚频的方法和经验？引用回帖:首先，搞懂什么是频率
　　中学的时候我们学过简谐振动，对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线，是一个开口向上的二次函数E=(k/2)x^2. 这样的振动，对应的x=0的点是能量极小值点（简单情况下也就是最小值点）。这时的振动频率我们也会求ω=(2π)sqrt(k/m)。显然它是一个正的频率，也就是通常意义下的振动频率。
　　然后，从频率的概念引出虚频的概念。
　　一维情况下，如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢？首先，从能量上看，这是个不稳定的点，中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看，就是这个点的一阶导数是零（受力为0），且是能量极大值。如果套用上面的公式，“回复力”f=-k'x（实际上已经不是回复，而是让x越来越远了），这里k'是个负数，ω=2π sqrt(k'/m)显然就是一个虚数了，即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率，就是对应这个虚频的。
　　实际情况下，分子的能量是一个高维的势能面，构型优化的时候，有时得到了极小值点，这样这个点的任意方向上，都可以近似为开口向上的二次函数，这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点，在每个方向都是开口向下的二次函数，那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况，说明找到的点在某些方向上是极大值，有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型，显然需要通过微调分子的构型，消去所有的虚频。如何微调？要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数，显然，把分子坐标按照振动的方向移动一点点，分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点，但是也不能太小。而所谓的过渡态，则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A，B两点，它们之间的一个小土丘，就是过渡态，从A到B的反应，需要越过的是这个小土丘，而不是两边的高山。这样，过渡态就是在一个方向上是极大值，而在其它方向上都是极小值的点。因此，过渡态只有一个虚频。
　　在进行Gaussian计算时，经常会出现多个虚频个，每个都只有－30~－20左右，但是如果结构改动过大，则一不小心，虚频就会更大。消除虚频的主要方法是改变构型。其次在计算上还可以尝试：nosymm；加大循环次数；提高收敛度；iop(1/8=?)等。通常对于势能面很平，较小的虚频很难消除。为了解决以上的这种现象,按如下的步骤一步步调整：
　　1）. 增加收敛标准
　　　　在优化时采用Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频，参见下一步
　　2）. 降低对称性
　　　　对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样，在优化时，如果必要，要将对称性降低，还有，输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话，将内坐标改成直角坐标优化。但是有时这一方法也并没有多大作用。
　　3）. 坐标中和法
　　　　如果上述方法还有虚频，看一下虚频，找到强度较大的，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样，重新计算，直到虚频没有。比较好的做法是分子结构输入用直角坐标，将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重f=0.1-1.0相加等。
　　4）. 其他方法
　　　　实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。
　　如果上面几步仍然无法解决问题，则有可能是因为计算还没有得到最稳定的结构，那么或者是分子结构有问题，或者是计算错了，再者就是游离出现在计算的范畴。
　　最后如果是寻找过渡态，如果只有一个虚频，而且该虚频对应某单键旋转震动，那么产生虚频的原因就是初始结构比较接近重叠构象。这时把优化过的结构绕振动方向旋转几十度再重新优化就有可能得到正确的结果。优化中等大小的有机分子（50-100原子）的时候，应该经常碰到这种情况。 当出现两个以上虚频时，可以先看一下振动模式。如果多余的虚频，和想要的振动模式发生在不同原子上，可以先固定过渡态模式所对应的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虚频去掉，再放开做全优化。或许会有所收获。（2.10）
L9999错误是什么？如何解决？
L502错误是什么？如何解决？
这简直是初学者遇到的最频繁的两种错误了引用回帖:L9999错误是属于构型优化没有找到最后结果，即在规定的优化步骤内没有找到最终的合适的结构。（L9999错误）。
对于优化不收敛,即L9999错误，实际上是在规定的步数内没有完成优化，即还没有找到极小值点。（或者对于过渡态优化，还没有找到过渡态），可以增加优化步骤，或是拿最后的结构 接着进行优化。
此外这有几种可能性：
1. 看一下能量的收敛的情况，可能正在单调减小，眼看有收敛的趋势，这样的情况下，只要加大循环的步数opt(maxcycle=200)，可能就可以解决问题了。
2. 加大循环步数还不能解决的（循环步数有人说超过200再不收敛，再加也不会有用了，这虽然不一定绝对正确，但200步应该也差不多了），有两种可能。一是查看能量，发现能量在振荡了，且变化已经很小了，这时可能重新算一下，或者构型稍微变一下，继续优化，就可以得到收敛的结果（当然也有麻烦的，看运气和经验了）；二是构型变化太大，和你预计的差别过大，这很可能是你的初始构型太差了，优化不知道到哪里去了，这时最好检查一下初始构型，再从头优化。
3. 对于L9999快达到收敛时,考虑减小优化步长有时对于能量振荡的情况也是有用的，opt(maxstep=1).
一个建议是，对于大体系，难收敛体系，先用小基组，低精度算法优化一下，以得到较好的初始构型，再用高精度的计算接着算。如果前面的方法保留了chk文件，重新计算时需要使用 geom=allcheck 读入构型（就不必麻烦地写构型了）， guess=read（读入初始波函数，可以加快第一步SCF收敛）。
L502错误对应的是SCF不收敛，通常有以下的解决方法：
a. 使用小基组，或低级算法计算，得到scf收敛的波函数，用guess=read读初始波函数。
b. 使用scf=qc，这个计算会慢，而且需要用stable关键字来测试结果是否波函数稳定。如果这个还不收敛，会提示L508错误。
c. 改变键长，一般是缩小一点，有时会有用。
d. 计算相同体系的其他电子态，比如相应的阴离子、阳离子体系或单重态体系，得到的收敛波函数作为初始猜测进行计算。
更专业的回答请参见（2.3）（2.11）
writwa错误是什么？如何解决？引用回帖:要么是内存问题。可以增加内存(%mem=?)。
要么或是硬盘问题，两种情况：
一种情况是，如果你使用的电脑是32位的操作系统，或者你使用的Gaussian软件是32位软件，两者满足其一，那么你的计算最多只能写16GB的硬盘空间，即使你的电脑剩余空间再多，需要的空间超过了16G也要出错，如果是这样的，在命令行尝试使用maxdisk=2000mw关键词，也许会解决问题，如果不行，你只能找64位的版本来做计算了。windows下使用老版本的gaussian作计算时还会出现单个文件2G的限制，这时需要在将这16G拆分成8个左右的磁盘读写文件。在命令行的上面添加
%rwf=name1.rwf,2gb,name2.rwf,2gb,name3.rwf,2gb,.......这里的文件名随便起
另一种情况是你的系统和软件都是64位的，这种情况下如果你没有定义最大硬盘，gaussian就会无限的写下去，直到满足要求为止，这时经常会出现硬盘被写满的情况，也就是你的硬盘没有空间了，此时同样需要定义maxdisk关键词，容量至少要比你的硬盘剩余空间小一些。（2.12）优化震荡怎么解决？引用回帖:1.尝试改变结构。首先略微减小键长，接下来略微增加键长，接下来再对结构作一点改变。
2.关闭DIIS外推(SCF=NoDIIS)或改进的外推（GDIIS）。同时进行更多的迭代( SCF=(MaxCycle=N) )。
3.使用强制的收敛方法。SCF=QC通常最佳，但在极少数情况下SCF=DM 更快。不要忘记给计算额外增加一千个左右的迭代。应当测试这个方法获得的波函，保证它最小，并且正好不是稳定点(使用Stable关键字)。
4.将两个迭代震荡构型相加，重新进行优化：
两个震荡构型
C x1 y1 z1
N x2 y2 z2
O x3 y3 z3
C x1' y1' z1'
N x2' y2' z2'
O x3' y3' z3'
那么你要用的新坐标就是
C (x1+x1')/2 (y1+y1')/2 (z1+z1')/2
N (x2+x2')/2 (y2+y2')/2 (z2+z2')/2
O (x3+x3')/2 (y3+y3')/2 (z3+z3')/2
5.减小积分步长，使用iop(1/8=?)单位是0.01埃。默认是30，你最小可以调整到1，但是要注意，这样很容易严重增大opt循环步数。（2.13）chk文件转化成fchk文件时默认内存不足，或者从fchk文件生成cube文件时默认内存不足，怎么办？引用回帖:解决方法：
（1）在winxp下，依次点击控制面板，系统，高级，环境变量，在上下两个输入框中分别加入一个新的环境变量——变量名GAUSS_MEMDEF，变量值，然后重启电脑
（2）在Linux下，输入命令export GAUSS_MEMDEF=，然后回车
这样就把formchk和cubegen可以使用的内存，从默认值6M增加到了200M
如果你想改到400M，GAUSS_MEMDEF这个环境变量你就改成，以此类推。这个值只认比特，不认K\M\G这些符号 （2.14）溶剂化计算时如果溶剂不是高斯默认的话怎么处理？引用回帖:eps=? 溶剂的介电常数。
rsolv=? 溶剂半径，单位是埃。
density=? 溶剂的密度。
具体看高斯