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我用promoterscan预测出的基因启动子序列结果，请高手帮我分析一下！谢谢
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这个帖子发布于11年零180天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
各位战友！
实验急需启动子序列，我在基因组序列上将目的基因的第一个外显子往前拉了5000bp.这5000bp用promoter scan 网站进行了启动子序列预测，（结果附下）。我想请问一下这个结果说明了什么问题？“Significant Signals”中的每一子项表示什么意思？这一结果为什么分为“forward strand” 和“ reverse strand ”？“ reverse strand ”是表示我输入序列的互补链吗？期待您们的回复与指导！不胜感谢!Processed sequence:1
ATTTTCACAACCATAGGAGTTGAACTCGGTTATCCTCACTTAACAGATGA51
GGAAACTGAGGCTGATGAGTGACTGAAGAACTTTTCCAGGATTACCCAAG101
TAATAAAGGGAAGTGACAAGGTTGACATTAAGGCCATCTGGCCCCGGAGT151
TTTGTGCTTCTCAAATCCCTTTCACACTGATTATCTTATTGACTCCTCTG201
AGATTGATATTGTTCCCAGATATTGATATTAAGAAAAATGTGTTTCAGAT251
AAGTGACTTTTCCAAGTTCAGCGTGCCAGGAAGTGGCTGGGCTGGGTTGG301
TGGTCTATCTTACGCCCAGGCTCGCTCCGTCACTTCCACATCGCTGATTC351
ACACGCGCATTTTGCAAACAAGGACACTGAGGCCAGGAGAGGTAAATTGC401
CGGCCTAGGGTCATACAGTTTGTACCCCATTCTGTGCTCTTTCCTCAAAC451
AGGAAATACCTAGGAAGCTGATGGGGTGAGGGTAGGTCCTAGGCTTGGAA501
GGGGGGTGCTGCCGTGTCTCTTCCCATTGTCCCTTTCTCATTTGTCACAA551
TCTGAATGTTTAAATTTCGTATTTAGTATTTACTCTGAAATGGCTTTCAT601
CTGATTTCCCCCTTGCTCACCAATTTAGCTGTCAAAGTAAATAAATGTGA651
AGCTGGGTCTCCAGCCTCCCCCAGCTCACATTACCTTCCTAGAATTACTC701
CCCGGCAGGGTCGAACCATTGCTGGGGGCCTCCCACAGAATTATCCAGTT751
ACTAATGAAGCCTCTTTCAAACTGAACCCTTGGGCCTAGACTCAAATGGG801
GGAAGATGGCAAAATTCACCCCAGAGGACCAGATGACCACATCCTGTTTA851
GTGACCGGGAGAAGAACTGCAAAGTGAGAAGATGCCATTATTCATGTAGG901
GTGCTTAATACAGCTTCAGGGTTGTATAAATGAATAAATCTACAACACTT951
TAAAAAATATTAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATCG1001
AGTGTCACTCTGTTGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCAC1051
TGCAGCCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCCTCAG1101
CCTCCCGACTAGCTGGGACTATAGCCACCTGCCACCACACCCGGCTAATT1151
TTTGTATTTTTAGGAGAGACTGAGTTTCACTATGTTGGCCAGGATGGGCT1201
TGATCTCCTGACCTTGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGG1251
ATTACAGGCATAAGCCACTGCACCCAGCCAAAATATTAGTTTTTAATGTA1301
TAGTTAGTTGTCACTTCAATTCTGAGAGGTCAGTATCATTATTCCCCGTT1351
TTGCAGGTGAGGAACTGAGGCTCAGAGAAGCTAAGTGACTCAAAGTGACC1401
CACAGTTTGTCATAGGAAGAAATCAAGTATCCTAATGGAAGGTACTATGT1451
TTGCTAATCCTAATTTTGCCAAGGTCACTCCTATCTGGACTCTTTTTCCT1501
GATGGAAAAAGATGGAGTCAGGAGTCATTGGAAGAGAGATTTCTTTTCCA1551
AAGTAATTTCACTTCTGTCCTCTTTGAAGTTAGGCAAGTTCTGGGCTCGA1601
ATAATGGTTCTGCATCTTCCTTAGGTAAGTTATTCAGGAGAAGATTTGAT1651
TTTTTTTGGTTGATTCATCCCCTGCCTTCATAAAGAATTTGATGTAGTAC1701
CTAGTAGAATCACAACCACAAGATTCAGCCGGTCCATTGCCATAATGATG1751
GCTGTTTATCATTTGCTTACTGTGTGCCTGGCATATTTCTGAGCCCTATT1801
ACATGGATCATTTGCGTAATTTTCACAACCATAGGAGTTGAACTCGGTTA1851
TCCCCACTTTACAGATGAGGAAACTGAGGCTGATGAGTGGCTGAAGAACT1901
TGTCCAGGGTTACCCAAGTAATAAAGTAATAAAGGGAATAGAAAACAGAT1951
GCCAAGGTTGGCATCAAGGCCATCTGGCCCTAGAGTCTTTGTGCTTCACT2001
ACTGACTTTACTGCCTCTTACTCCAGTTTTTATTATCTGAGCACTTAATC2051
AGAATTCAGGAGCAGAATTGCATAGTAGGTAAGAGTTTGGGTTCTAAAAT2101
CTGAGTGCCAGAGCTTCAGATGGGACTCCTGTAAGCTTGTTTCCTCAACT2151
ATAAAAGAAAGATAATAATATAACCTTTTTGTAGGGTAGTTGCAAGGATT2201
AAAGAGGATAATGCGTGTAAACAACAAAGGGCTTAGCACATAAATGCTCA2251
ATAAATAGTTATTATTGTTATCACTCTAGGAGCACATGCTTCACATTCCC2301
CCTCATTAGAGTGCAGCAGCTTGTTTGTCCAGCCTCTGAACCTTTGTGGT2351
CCTCTCTCTACCTGAAATACTTTCTTCTTCTCCCTGAACCCATCCAAATT2401
TCACCTGCCCTTTAGTTTTAGCTCAAGCCTCTTCCATGGCTCATGTCTAA2451
GAAGTTTTGCAAAGCCAGTACGATCTTCATGGTCTTCTTTCCTGGGGCCC2501
TTCTGCACTCACAAATCTGGCATATGTGCAGCATTCTATAACGTTTATTA2551
ACCTTTCAATTCCCCCAGCCACCCAAAGGGGAGGAAGAGAAGGAGGTAAA2601
GCAGGTCCTATTGTTATTCCCATTTTGCCGATGAGAAAACAGGCTGAGCC2651
TATAAGTGGTGAGGCTGGGAGTCACATCCAGGTCTTTTAACAGATAATGT2701
GGAGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACATGTGTGTGTG2751
CAGAAAGTAAACATGGTCATGTCTGCAGCCTAGAAATCAAGAGTATGAGC2801
TCTAATGTGAGATGAATGTGGTTTTAAGTCCTTGGTTCTGGCAATTAGCC2851
ATGTGCACCATTTTGGATATATCACATGAACTCTCTGAACCTCAGTCTCT2901
TGATCAGTAAAACAAGCACGCTGAGAGATGCTACCTCACGGGATTATTGT2951
GAAAAGAAAATGAGATCACGATTGTAAAATGCCTCGTATCATGCCTGGCA3001
CAGATTAGTAGCTGTAATAACTGGGAATAATCCCAGTAGTAGCTGAAATT3051
ATTATGTGCAAAGGAGATATTTGAGAGGGAGGGGTTGTTCTTCTGTATTC3101
ATGTTTGAGAATGCATGTGTATGTGTGTACACATGTGTACCTATGCATAC3151
ACCTCACCCGCTTTCACATTGCAACTTGTTCTCTTCGTATAAAAGATTAG3201
GGTTCAAAGAGAAACTCTTTTCACTCTGAATTTCTGTGTCTGAGAGCAAT3251
GAATGACTGGGATGCAGAGGGCGGGAAATGCCATTAGCTGAGGCTGGGGC3301
TATTTTTGTGTACCTTGATGCCAGTAAAGGAACAGATATTTGTATCTTTG3351
GGGAATATGGGTGTGGATCTTTAGTATCGTGTTGGTGTGCAGGCATCCTC3401
TACTACCTGCGCCTGTCAGAACCTGCCTGTGTGTGTGCAAACTGAGACTA3451
TAACTATTGGGAATCTATGGCTGCAGAAGTGTGTGTGATGTGTCTGCCTA3501
TAAATGCCTATCAATAGTTGTCTCACCATCTGTAAGGATGTAAGTACATA3551
TTTGAGGGTGCCTGAGTAGAGGACATAAGGTTATACATGGGTTTGGAGCT3601
CTGTGAAAATCTGTGCCCTCTTGAGTATGGCTGTGTGTACAAATGGAAGA3651
ACAATTGTGTGTGGGGGGGTGTTTACATCTGTAAATGAGGGCAATTATGG3701
AGGTGATGACATGTGTGATGTGGTGAGGGTAGGCTGTCATGGTGTCTGTA3751
GGGCTGGATCTATGTCTGAGTGTGCTTATTTGTTTTTAGATGATGTATGT3801
TTACATGTGTCTCTTTAGGCTCAGTTTGTGTGTGGAGAAGGGGGCTGAGA3851
CTCTAAGTGTCCACTTGTGTATGCTGCAGGGCGTTAGTGTGTGTAAGGCT3901
CCATCTTTGGGTTTGAAGGTTCTGTGTCTGTGTGTCTGGGGGCAGTGTCT3951
TCTGTCTAAATGCCTGGGCCTTCCTGCCTTCCCTACCATTCTCATTGTCA4001
GTAGAACCCTAGAGAAGAAGGGATGGGCATTGGACTGTGTGGTTAAGCAA4051
ATCCTGAAGGGAAGGGGAATGTGCCAAGCAATCCCTTCCAAGAGAATTCA4101
GGGAAACTACCCTCCCGTTTCACCTCAGTCCCTGGGAGCTGGTGCACTGT4151
CTGGTTCTTATAGAGCAGAGGTATCTGTGCAGGTGTGTGAGAGTAAGTGT4201
GGTGCCTCGTGCCCGTGTAAATGATGTGAACAGGTAATCACTTACATTAG4251
TGTGTACACAAATGTACCAGGCATGGGATTGCATCAACACAGTGTAATAA4301
CGTGTGACCTCCTACGGAATCTATCTCCGCAGATGGTATGGCCATGGGTC4351
CCTCCTGTACCTGTGAGTGGGGCAGTGTCTGAGGAAGATGGGTGCCCCTT4401
GAGGGAGGAGCGGTAGTGAGAGCTGGGTGGATGTGTGCCCGCCGGTGCCT4451
TTGTGTACTGGCGTGTCTCCGAGTCTCTCTGTCGGCAGCTCTGAGTTTCT4501
GTGTGTCTCTGTGTCTGTGTGTGTGTCTCTCTCTCTGGGTCTCTGCCTCG4551
TCGTGTGTGTCTTGCTCTCCCTTGGCGGGGAGGGGATTGGTCACGCATGA4601
CTCATCTTGAACCGAGCGGGGCTCCAGCGGCAGGGCGGCCGCCGTTGCAG4651
CTGGAGGGGGAGGAGGACAAGGAGGAGGGAGAGGAGGAGGAGGACTACCA4701
AGAGGGGGAGGAGGAGAAGAAGGAGGGGGCGGGGGCCTCTCCAAGTTTGT4751
CGGGACCTTCTTCCGAGGCAGCGGCGGCAGCAGCCAGGGAGGCCGGGGCT4801
GCGCGCGGGCCGGGGGCGGGGGCTGAGGCCGGGCCCGGGGCGGCGGGGCC4851
GGCGCCTCGGCTCTCCTCCTGCTCCTGCAGCAGCCTCTGCTCCCACTGCG4901
GCTGTGGTCCCCCTCGGCGCAGCTCTCCGCGCTGCGCGCCCGCTGAGCCC4951
GAGGTTCCCCGGCCCATGTACTGGAAGCATGAGAACGCCGCCCCGGCGTT--------------------------------------------------------------------------------Proscan: Version 1.7Processed Sequence: 5000 Base PairsPromoter region predicted on forward strand in 4531 to 4781Promoter Score: 66.12 (Promoter Cutoff = 53.000000)Significant Signals: Name
&&S00781&&+&&000AP-2
&&S00346&&-&&000JCV_repeated_sequenc&&S01193&&+&&000Sp1
&&S00801&&-&&000AP-2
&&S01936&&-&&000CTF
&&S00780&&+&&000GCF
&&S01964&&+&&000T-Ag
&&S00974&&+&&000Sp1
&&S00978&&+&&000UCE.2
&&S00437&&+&&000Sp1
&&S00802&&-&&000UCE.2
&&S00437&&-&&000JCV_repeated_sequenc&&S01193&&+&&000(Sp1)
&&S00857&&+&&000T-Ag
&&S00974&&+&&000Sp1
&&S00979&&+&&000Sp1
&&S00326&&+&&000Sp1
&&S00978&&+&&000Sp1
&&S00781&&+&&000Sp1
&&S00802&&-&&000Sp1
&&S00801&&-&&000EARLY-SEQ1
&&S01081&&-&&000(Sp1)
&&S01187&&-&&000AP-2
&&S01936&&-&&000Sp1
&&S00956&&-&&000Promoter region predicted on reverse strand in 4874 to 4624Promoter Score: 93.29 (Promoter Cutoff = 53.000000)Significant Signals: Name
WeightAPRT-mouse_US
&&-&&000AP-2
&&-&&000Sp1
&&-&&000UCE.2
&&+&&000AP-2
&&-&&000Sp1
&&-&&000GCF
&&+&&000Sp1
&&+&&000AP-2
&&-&&000Sp1
&&+&&000Sp1
&&-&&000(Sp1)
&&-&&000EARLY-SEQ1
&&-&&000ETF
&&-&&000JCV_repeated_sequenc&&+&&000Sp1
&&+&&000Sp1
&&+&&000(Sp1)
&&+&&000MBF-I
&&+&&000AP-2
&&-&&000Sp1
&&-&&000(Sp1)
&&-&&000EARLY-SEQ1
&&-&&000Sp1
&&-&&000Sp1
&&-&&000Sp1
&&+&&000Sp1
&&+&&000JCV_repeated_sequenc&&+&&000Sp1
&&+&&000Sp1
&&+&&000(Sp1)
&&+&&000AP-1
&&+&&000UCE.2
&&-&&000AP-2
&&-&&000Sp1
&&-&&000UCE.2
&&+&&000Sp1
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软件会对你提交的序列进行原链和反义链同时进行转录起始位点的预测.从你得到的结果来看,原链和其互补链都被预测有可能存在转录起始位点,原链得分66.12 ,反义链得分93.29.如此看来倒是反义链存在TSS的可能性大些.与你的初衷相反,将反向转录.可能是有些矛盾.另外启动子区域的预测结果不可认得太真,不同的软件会得出不同的结果.建议再使用其他软件试试.如promoser,TESS等.再对TATA-BOX,CpG岛做预测,综合比较,方可得出结论.最后也要以实验证据为主(如EPD)
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非常感谢riyuheshanq!我用promoser和TESS软件分析后，一个将通过邮件发送结果，一个在我的序列中没有预测到启动子序列，我会等待邮件结果。我的基因是来自人的LHX6的isoform a.(即lhx6.1)。人的基因的启动子是否有现成可以搜索的啊？可以通过怎样的方法查到呢？期待大家的帮助!谢谢
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现成数据库有实验证据的可以直接搜索可能只有EPD了。但库中数据不多，人和小鼠各300多条信息吧。
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关于丁香园请问谁知道圣安地列斯（GTA-SA）的GTACC作弊器在哪里下载啊？！找了好久呀！在线等！急！_百度知道
请问谁知道圣安地列斯（GTA-SA）的GTACC作弊器在哪里下载啊？！找了好久呀！在线等！急！
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